Topic outline

  • General

    Il corso si tiene interamente in laboratorio.

    Modalità di esame

    Un progetto da svolgere individualmente o in piccoli gruppi, da concordare con i docenti

    Materiale didattico


  • Calendario

    Settimana

    Lunedì 9.00-10.30

    Martedì 14.30-17.00

    Mercoledì 9.00-11.30

    1



    Introduzione a Python: sintassi, liste. array. Notebook. Moduli e librerie

    2

    Introduzione a Python: dizionari
    Numpy
    Introduzione a Python: lettura file, espressioni regolari

    3

    Formato FASTA
    Matplotlib
    Cenni di Biopython

    4

    Pandas, dataframe, lettura csv
    Dal rilevatore alla stringa
    Banche dati Biologiche

    5

    Pandas, lavorare su una tabella
    Introduzione alla Systems Biology
    Formato GTF

    6

    Pandas, gestione tabelle
    Algoritmi di modellazione stocastica
    Ricerca motivi, implementazione banale

    7

     Algoritmi di modellazione deterministica
    Importanza dei parametri e Ottimizzazione combinatoria . Constraint based modelling 
    Ricerca motivi, algoritmo branch and bound