Syllabus del corso
Obiettivi
L’insegnamento si articola in due moduli e si propone di fornire i principi, l’implementazione e le applicazioni delle principali metodologie biochimiche per lo studio delle proteine e la manipolazione e l’analisi degli acidi nucleici. Particolare attenzione viene data alla discussione dei processi chimico-fisici su cui si basano le tecniche trattate e alla descrizione delle principali strategie sperimentali in cui queste si inseriscono.
Conoscenza e capacità di comprensione.
Lo studente conoscerà i principi fondamentali delle principali metodologie biochimiche e biomolecolari per lo studio delle proteine e la manipolazione degli acidi nucleici, e della loro implementazione e applicazione.
Capacità di applicare conoscenza e comprensione.
Lo studente sarà in grado di applicare le conoscenze acquisite alle attività di laboratorio, alle materie degli anni successivi, e di comprendere e interpretare lavori scientifici per l’elaborazione della tesi di laurea.
Autonomia di giudizio.
Lo studente sarà in grado di elaborare quanto appreso, al fine di interpretare e discutere criticamente i risultati di esperimenti propri e pubblicati in letteratura, ottenuti con le tecniche descritte.
Abilità comunicative.
Lo studente saprà esprimersi con proprietà di linguaggio nella descrizione delle metodologie trattate e nella discussione di risultati sperimentali.
Capacità di apprendimento.
Lo studente avrà le capacità di apprendimento necessarie per affrontare in autonomia studi successivi che richiedano conoscenza di metodologie biochimiche e biomolecolari, e saprà applicare anche ad altri ambiti il metodo di studio acquisito.
Contenuti sintetici
Modulo 1 (Metodologie Biochimiche)
PREPARAZIONE DI ESTRATTI GREZZI DI PROTEINE.
PURIFICAZIONE E ANALISI DI PROTEINE.
CARATTERIZZAZIONE BIOFISICA DI PROTEINE CON METODI SPETTROSCOPICI E SPETTROMETRICI.
Modulo 2 (Tecnologie Biomolecolari)
TECNOLOGIE DEL DNA RICOMBINANTE.
CLONAGGIO E ISOLAMENTO TRASFORMANTI.
Programma esteso
Modulo 1 (Metodologie Biochimiche)
PREPARAZIONE DI ESTRATTI GREZZI DI PROTEINE. Sali, tamponi, detergenti, agenti denaturanti, metodi di lisi cellulare, precipitazione in ammonio solfato, dialisi.
PURIFICAZIONE E ANALISI DI PROTEINE. Tecniche di centrifugazione, tecniche cromatografiche, tecniche elettroforetiche, Western blot e immunoprecipitazione.
CARATTERIZZAZIONE BIOFISICA DI PROTEINE CON METODI SPETTROSCOPICI E SPETTROMETRICI. Assorbimento UV-Vis, dicroismo circolare, fluorescenza, spettrometria di massa, risonanza di plasmoni di superficie.
Modulo 2 (Tecnologie Biomolecolari)
TECNOLOGIE DEL DNA RICOMBINANTE. Nucleasi (DNasi, RNasi, S1 nuclease and restriction enzymes), metilasi, DNA ligasi, fosfatasi, chinasi, DNA polimerasi e RNA polimerasi. Costruzione di mappe di restrizione. Elettroforesi di acidi nucleici. PCR: principi e applicazioni. Mutagenesi. Preparazione di sonde a DNA (nick translation, random priming, tramite PCR) e a RNA. Analisi di Southern e di Northern. Sequenziamento enzimatico del DNA, sequenziamento automatizzato e pirosequenziamento.
CLONAGGIO E ISOLAMENTO TRASFORMANTI. Sistemi ospite-vettore. Vettori di clonaggio per Escherichia coli. Marcatori e selezione dei trasformanti. Preparazione di banche genomiche ed a cDNA. Screening.
Prerequisiti
Prerequisiti. Conoscenze di base di fisica, chimica generale, biochimica e istituzioni di biologia
Propedeuticità specifiche: nessuna
Propedeuticità generali. Lo studente potrà sostenere gli esami del secondo anno di corso solo previo superamento degli esami di Istituzioni di Biologia, Chimica generale ed inorganica, Matematica, Lingua Straniera.
Modalità didattica
Lezioni frontali in aula. L’insegnamento sarà svolto in due moduli, con l’ausilio di diapositive ed esercizi alla lavagna.
L'insegnamento è tenuto in lingua italiana.
Materiale didattico
Il materiale didattico (slides) è reperibile sulla piattaforma e-learning dell’insegnamento.
Testi suggeriti:
- Bonaccorsi Di Patti M.C., Contestabile R. & Di Salvo M.L. “Metodologie biochimiche”. Ambrosiana
- Dale J.W. & von Schantz M. “Dai Geni ai Genomi”. EdiSEs
- Brown T.A. “Biotecnologie Molecolari”. Zanichelli
Periodo di erogazione dell'insegnamento
Secondo semestre
Modalità di verifica del profitto e valutazione
Esame scritto (2 h).
L’esame richiede la risposta a due gruppi di domande aperte che riguardano i contenuti dei due moduli di cui si compone l'insegnamento. In caso sia raggiunto un voto almeno sufficiente in entrambi i moduli (18/30), sarà possibile formulare il voto finale, come media dei punteggi conseguiti nei due moduli d'esame.
Nel periodo di emergenza Covid-19 gli esami scritti saranno solo telematici. Verranno svolti utilizzando la piattaforma WebEx e nella pagina e-learning dell'insegnamento verrano comunicate tutte le informazioni necessarie.
Orario di ricevimento
Ricevimento: su appuntamento, previa richiesta per mail ai docenti.
Grandori: Lunedì h 16-17 o su appuntamento tramite e-mail
Aims
The course aims at providing the principles, implementation and applications of the main biochemical methods for the study of proteins and the manipulation and analysis of nucleic acids. Particular attention is given to the discussion of the chemical-physical processes on which the treated techniques are based and to the description of the main experimental strategies in which they are inserted.
Knowledge and understanding.
Students will gain knowledge of the fundamental principles at the basis of the main biochemical and biomolecular techniques for protein studies and manipulation of nucleic acids, as well as their implementation and application.
Applying knowledge and understanding.
Students will be able to apply the acquired knowledge to the subsequent laboratory activities and courses, as well as to understand and interpret the scientific papers required for the preparation of their graduation thesis.
Making judgements.
Students will be able to process the acquired knowledge, in order to interpret and critically discuss results from the literature and their own work, obtained by the described methods.
Communication skills.
Students will be able to use an appropriate scientific language in the description of the acquired methods and in the discussion of the experimental results.
Learning skills.
Students will have the skills in reading and understanding to face autonomously the subsequent studies that require knowledge in biochemical and biomolecular methods and will be able to apply the acquired study method also to other matters
Contents
Module 1 - (Biochemistry methods in Biochemistry).
PREPARATION OF PROTEIN RAW EXTRACT.
PROTEIN PURIFICATION AND ANALYSIS.
BIOPHYSICAL CHARACTERIZATION OF PROTEINS BY SPECTROSCOPIC AND SPECTROMETRIC METHODS.
Module 2- (Biomolecular techniques)
RECOMBINANT DNA TECHNIQUES.
CLONING AND SCREENING.
Detailed program
Module 1 - (Biochemistry methods in Biochemistry).
PREPARATION OF PROTEIN RAW EXTRACT. Salts, buffers, detergents, denaturating agents, methods for cell lysis, protein precipitation in ammonium sulfate, dialysis.
PROTEIN PURIFICATION AND ANALYSIS. Centrifugation, chromatography, electrophoresis, Western blot, immunoprecipitation.
BIOPHYSICAL CHARACTERIZATION OF PROTEINS BY SPECTROSCOPIC AND SPECTROMETRIC METHODS. UV-Vis absorbance, circular dichroism, fluorescence, mass spectrometry, surface plasmon resonance.
Module 2- (Biomolecular techniques)
RECOMBINANT DNA TECHNIQUES. Nucleases (DNase, RNase, S1 nuclease and restriction enzymes), methylases, DNA ligase, phosphatases, T4 polynucleotide kinase, DNA polymerases and RNA polymerases. Restriction maps. Agarose gel electrophoresis. Polymerase chain reaction (PCR): principles and applications. DNA probes (5’ and 3’ end labelling, nick translation and random priming). RNA probes. Southern and Northern analyses. DNA sequencing: basic concepts, Sanger sequencing, automatic sequencing and pyrosequencing.
CLONING AND SCREENING. Escherichia coli as a host organism. Selection markers. Cloning vectors. Genomic and cDNA libraries. Screening.
Prerequisites
Background. Basics of Physics, General Chemistry, Biology and Bichemistry.
Specific prerequisites: None
General prerequisites: Students can take the exams of the second year after passing the examinations of Introductory Biology, General and Inorganic Chemistry, Mathematics, and Foreign Language.
Teaching form
Classroom lectures carried out with the support of slides and exercises on the blackboard.
Teaching language: italian.
Textbook and teaching resource
Learning material (slides) is available at the e-learning platform of the course.
Recommended textbooks:
- Bonaccorsi Di Patti M.C., Contestabile R. & Di Salvo M.L. “Metodologie biochimiche”. Ambrosiana
- Dale J.W. & von Schantz M. “Dai Geni ai Genomi”. EdiSEs
- Brown T.A. “Biotecnologie Molecolari”. Zanichelli
Semester
Second semester
Assessment method
Written examination (2 h).
Two sets of open questions on the content of both course modules. The final grade will be defined as the average of the two sets, provided they both have a sufficient mark (18/30).
During the Covid-19 emergency period, written exams will only be online. They will be carried out using the WebEx platform and the required information will be communicated on the e-learning page of the course.
Office hours
Contact: on demand, upon request by mail to lecturers.
Grandori. Contact hours: Monday 4-5 p.m. or upon request by mail.