- Systems Biochemistry
- Summary
Course Syllabus
Obiettivi
Affrontare lo studio della cellula come sistema complesso, la cui comprensione richiede un approccio multidisciplinare in cui le tecniche di biochimica e biologia cellulare e molecolare vengono integrate da metodologie bio-informatiche e di simulazione computazionale di modelli matematici.
Tale approccio consente di affrontare i processi biologi fondamentali in termini integrati, fornendo al ricercatore strumenti, non solo per mettere alla prova con rigore quantitativo le conoscenze acquisite, ma anche per modificare il comportamento dei sistemi cellulari in studio, ad esempio per:
(i)identificare, sviluppare ed ingegnerizzare microrganismi capaci di effettuare biotrasformazioni biotecnologiche innovative ed eco-compatibili;
(ii) sviluppare repliche in silico di singoli individui (Digital Twins) e identificare il trattamento farmacologico personalizzato più adatto per ogni singolo paziente.
1. Conoscenza e capacità di comprensione.
Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà conoscere:
le principali tecniche di analisi post-genomica;
i concetti base della simulazione matematica di sistemi biologici complesso;
le possibilità offerte dalle tecnologie sperimentali e computazionali sopra-menzionate – e della loro integrazione sistemica – tanto nell’ambito della ricerca di base che nella loro applicazione in ambito diagnostico e terapeutico o nelle biotrasformazioni biotecnologiche innovative.
2. Capacità di applicare conoscenza e comprensione.
Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà essere in grado di applicare le conoscenze acquisite al punto 1 a problematiche scientifiche, metodologiche ed applicative diverse rispetto a quelle esplicitamente trattate a lezione
3. Autonomia di giudizio.
Lo studente dovrà essere in grado di rielaborare i principi e metodologie apprese, in primo luogo per consultare la letteratura così da aggiornare le proprie competenze prima che queste diventino obsolete ed in secondo luogo per identificarne gli ambiti privilegiati di utilizzo.
4. Abilità comunicative.
Alla fine dell'insegnamento lo studente saprà esprimersi in modo appropriato in italiano (per studenti di madre lingua italiana) ed inglese (per tutti gli studenti) nella descrizione delle tematiche affrontate con proprietà di linguaggio e sicurezza di esposizione.
5. Capacità di apprendimento
Alla fine dell'insegnamento lo studente saprà analizzare, applicare, integrare e collegare le conoscenze acquisite – e successivamente maturate con la consultazione della letteratura - con quanto appreso in insegnamenti correlati, al fine di risolvere problemi scientifici tanto nella biochimica di base che applicata.
Contenuti sintetici
Il Corso si propone di illustrare alcuni aspetti relativi allo studio, analisi, modellazione e ricostruzione in silico di sistemi biologici complessi.
La funzionalità delle (macro)molecole biologiche verrà analizzata nel contesto della interazione tra molecole. Saranno esaminati alcuni circuiti regolativi cellulari al fine di evidenziare alcune caratteristiche chiave dei circuiti regolativi cellulari, quali la robustezza ed il ruolo che la loro ricostruzione in silico può avere in termini conoscitivi ed applicativi.
Programma esteso
I. Systems Biology; Introduzione e concetti di base (2 lezioni).
Il concetto di sistema: le proprietà emergenti
Il concetto di modulo
Approcci top-down e bottom-up alla ricostruzione computazionale di un sistema biologico
Reti biologiche e loro proprietà (Robustezza, fragilità, essenzialità)
II. Modelli matematici di sistemi biologici per non-esperti (2 lezioni)
come può la modellazione matematica aiutare la comprensione della logica dei viventi?
III. La systems metabolomics come paradigma e chiave interpretativa dei comportamenti cellulari (3 lezioni)
IV. Whole cell modeling (3 lezioni) ricostruzione modulare ed interconnessione di modelli matematici a diversa risoluzione per ricostruire in modo esaustivo ed integrato tutte le funzionalità di una cellula
V. Disassemblare e ricostruire la complessità inter- cellulare: scRNASeq ed analisi di immagine quantitativa ad alta processività (3 lezioni)
VI. Biotrasformazioni, economia circolare e green economy (5 lezioni)
VII. Connettere la realtà biologica ed il mondo virtuale: Digital Twins e sensoristica avanzata “indossabile” (3 lezioni)
Il numero di lezioni per ogni argomento è indicativo e potrà essere modulato anche in funzione degli interessi degli studenti
Prerequisiti
Il corso si basa su concetti e metodologie esposte nei corsi di Biochimica e Biologia Molecolare di base. In particolare, è richiesta la conoscenza degli elementi di base della biochimica cellulare di procarioti ed eucarioti (metabolismo, trasduzione del segnale e ciclo cellulare) e della enzimologia. È apprezzata qualche conoscenza di base in ambito statistico
Modalità didattica
Lezioni frontali, dimostrazioni in classe di software per analisi di costruzione di modelli matematici, Journal club e analisi interattiva approfondita di lavori scientifici selezionati
Materiale didattico
Articoli specialistici e di rassegna e capitoli di libro verranno consigliati a lezione e caricati sulla piattaforma e-learning del corso
Periodo di erogazione dell'insegnamento
Secondo semestre
Modalità di verifica del profitto e valutazione
Non sono previsti compiti in itinere;
L'esame è orale e verificherà l'acquisizione dei concetti di base della biologia dei sistemi e della loro applicazione, con particolare attenzione all'integrazione di strumenti computazionali e sperimentali, anche mediante discussione approfondita di articoli specifici scelti in accordo con gli studenti prima dell’esame
Orario di ricevimento
Previo appuntamento via mail
Aims
Tackling the study of the cell as a complex system, whose understanding requires a multidisciplinary approach in which biochemistry and cellular and molecular biology techniques are integrated by bio-informatics and computational simulation of mathematical models.
This approach allows to address the fundamental biological processes in integrated terms, providing the researcher with tools, not only to test the acquired knowledge with quantitative rigor, but also to modify the behavior of the cellular systems under study, for example for:
(i)identify, develop and engineer microorganisms capable of carrying out innovative and eco-friendly biotechnological biotransformations;
(ii) develop in silico replicas of single individuals (Digital Twins) and identify the most suitable personalized drug treatment for each single patient
1. Knowledge and understanding. At the end of the course the student must know: the main post-genomic analysis techniques; the basic concepts of mathematical simulation of complex biological systems; the possibilities offered by the above-mentioned experimental and computational technologies - and their systemic integration - both in the context of basic research and in their application in diagnostic and therapeutic fields or in innovative biotechnological biotransformations.
2. Applying knowledge and understanding. At the end of the course the student must be able to apply the knowledge acquired in point 1 to scientific, methodological and application problems different from those explicitly dealt with in class
3. Making judgment. The student must be able to re-elaborate the principles and methodologies learned, firstly to analysis of the literature, in order to update his / her skills before they become obsolete, and secondly to identify the privileged areas of use.
4. Communication skills. At the end of the course the student will be able to express himself appropriately in Italian (for students of Italian mother tongue) and English (for all students) in the description of the topics addressed with proper language.
5. Learning skills At the end of the course the student will be able to analyze, apply, integrate and connect the knowledge acquired –in the lectures and subsequently gained through the consultation of the literature - with what he/she has learned in related teachings, in order to solve scientific problems both in basic and applied biochemistry.
Contents
The course aims to illustrate some aspects related to the study, analysis, modeling and reconstruction in silico of complex biological systems. The functionality of (macro) biological molecules will be analyzed in the context of the interaction between molecules. Some cellular regulatory circuits will be examined in order to highlight some key characteristics of cellular regulatory circuits, such as robustness and the role that their in silico reconstruction can have in cognitive and applicative terms.
Detailed program
I. Systems Biology; Introduction and basic concepts (2 lessons).
The concept of system: emerging properties
The concept of module
Top-down and bottom-up approaches to computational reconstruction od biological system
Biological networks and their properties (Robustness, fragility, essentiality)
II. Mathematical models of biological systems for non-experts (2 lessons)
how can mathematical modeling help understanding the logic of life?
III. Systems metabolomics as a paradigm and interpretative key of cell behaviors (3 lessons)
IV. Whole cell modeling (3 lessons): modular reconstruction and interconnection of mathematical models with different resolution to comprehensively and integratively reconstruct all functions of a cell
V. Disassemble and reconstruct inter-cellular complexity: scRNASeq and quantitative high processivity image analysis with (3 lessons)
VI. Biotransformations, circular economy and green economy (5 lessons)
VII. Connecting biological reality and the virtual world: Digital Twins and advanced wearable sensors (3 lessons)
The number of lessons for each topic is indicative and could be modulated according to the interests of the students
Prerequisites
The course is based on concepts and methodologies exposed in the basic Biochemistry and Molecular Biology courses. In particular, knowledge of the basic elements of prokaryotic and eukaryotic cell biochemistry (metabolism, signal transduction and cell cycle) and enzymology is required. Some basic statistical knowledge is appreciated
Teaching form
Lectures, classroom demonstrations of software for analysis of construction of mathematical models, Journal club and in-depth interactive analysis of selected scientific papewrs
Textbook and teaching resource
Original research, review articles and book chapters will be suggested in class and uploaded in the e-learning platform of the course
Semester
Second semester
Assessment method
There are no exams in itinere; The exam is oral and will verify the acquisition of the basic concepts of systems biology and their application, with particular attention to the integration of computational and experimental tools, also through in-depth discussion of specific articles chosen in agreement with the students before the exam
Office hours
By e-mail appointment
Key information
Staff
-
Marco Ercole Vanoni