Course Syllabus
Obiettivi
Fornire allo studente le conoscenze sulle tecnologie di proteomica applicate a studi clinici
Fornire allo studente le conoscenze sulle tecnologie e le piattaforme utilizzate in metabolomica in campo biomedico
Contenuti sintetici
Concetti di proteomica : strumentazioni e approcci analitici utilizzati nello studio del proteoma, delle loro alterazioni per indagini biomediche.
Concetti e definizioni utilizzati in metabolomica. Strumentazione, tecnologie e approcci analitici utilizzati nello studio dei processi metabolici e delle loro alterazioni per indagini biomediche.
Programma esteso
Definizione dei termini e delle caratteristiche delle tecniche analitiche cromatografiche per indagini quali- quantitative. Conoscenze e nozioni della spettrometria di massa applicata alla proteomica. Identificazione di proteine con la tecnica del “Peptide mass fingerprint”. Spettrometria di massa accoppiata (MS/MS). Interpretazione di spettri MS/MS di peptidi. Identificazione delle proteine mediante approcci bottom-up e top-down. Caratterizzazione di modificazioni posttraduzionali mediante spettrometria di massa. Proteomica quantitativa: gel-free e gel-based; label-based e label-free. Tecniche di “imaging” mediante spettrometria di massa e sue applicazioni: profiling e Imaging . Esempi di applicazioni in ricerche cliniche.
Introduzione alla metabolomica: concetti, approcci e definizioni; Tecnologie analitiche di metabolomica; Disegno sperimentale in metabolomics;
Lipidomica e Flussomica
Prerequisiti
Conoscenze di base di chimica, biochimica e statistica
Modalità didattica
Lezioni frontali; Esercitazioni
Le lezioni/esercitazioni si svolgeranno in presenza fisica.
Materiale didattico
Review e articoli pubblicati su riviste internazionali verranno indicati durante il corso. Downard K., Mass spectrometry . A foundation course. Royal Society of Chemistry, 2004 ISBN 0-8504-609-7 Gary Siuzdak, Mass Spectrometry for Biotechnology, Academic Press 1996 Per consultazione: J. H. Gross, Mass Spectrometry. A Textbook, Berlin – Heidelberg, Springer Verlag, 2004 E. De Hoffmann, V. Stroobant, Mass Spectrometry. Principles and Application, 2nd Edition Chichester, John Wiley & Sons, 2001. C. Dass, Principles and Practice of Biological Mass Spectrometry, New York, Wiley-Interscience, 2000. ISBN 0471330531 Chapman, John R. Mass Spectrometry of Proteins and Peptides, Humana press 2000, ISBN 0- 89603-609-X Walker, John M. The Proteomics Protocols Handbook Humana Press, 2005
Periodo di erogazione dell'insegnamento
Secondo semestre
Modalità di verifica del profitto e valutazione
Nella prova scritta-orale sono inserite 8-10 domande sui contenuti del corso di Proteomica e Metabolomica. Le domande sono a quiz con 4-5 possibili risposte di cui una sola è esatta. Tra le domande ve ne è sempre una aperta ed alcune possono prevedere l’esecuzione di calcoli o di interpretazione di spettri di massa MS/MS di peptidi. La prova orale prevede la discussione della prova scritta/orale.
Orario di ricevimento
Ogni giorno previo appuntamento.
Sustainable Development Goals
Aims
The course will provide knowledge of proteomics technologies applied to clinical investigations.
The course will introduce metabolomics technologies and platforms applied to biomedical investigations
Contents
The course will provide knowledge of proteomics applied to clinical investigations.
The course will introduce metabolomics technologies and platforms applied to biomedical investigations
Detailed program
Introduction to the terminology and to the features of the chromatographic techniques used for quali-quantitative investigations. Knowledge of mass spectrometry applied to proteomics. Proteins identification using the “Peptide mass fingerprint” approach. Tandem mass spectrometry (MS/MS). Interpretation of MS/MS spectra of peptides. Bottom-up and top-down proteomics approaches used to identify proteins and peptides. Characterization of posttranslational modification by Mass Spectrometry. Quantitative proteomics: gel-based and gel-free; label-based and label-free. Mass Spectrometry-Imaging technology (profiling and imaging) and its applications. Examples of application in clinical researches.
Introduction to metabolomics: concepts, approaches and definitions; Analytical technologies in metabolomics; Experimental design in metabolomics; Lipidomics and Fluxomics
Prerequisites
Basic knowledge in the field of Chemistry, Biochemistry and Statistics
Teaching form
Lectures and practical lessons
Lectures / practical lessons will take place in physical presence
Textbook and teaching resource
Reviews e and scientific articles published on international journals will be provided during the course. Downard K., Mass spectrometry . A foundation course. Royal Society of Chemistry, 2004 ISBN 0-8504-609-7 Gary Siuzdak, Mass Spectrometry for Biotechnology, Academic Press 1996 Per consultazione: J. H. Gross, Mass Spectrometry. A Textbook, Berlin – Heidelberg, Springer Verlag, 2004 E. De Hoffmann, V. Stroobant, Mass Spectrometry. Principles and Application, 2nd Edition Chichester, John Wiley & Sons, 2001. C. Dass, Principles and Practice of Biological Mass Spectrometry, New York, Wiley-Interscience, 2000. ISBN 0471330531 Chapman, John R. Mass Spectrometry of Proteins and Peptides, Humana press 2000, ISBN 0- 89603-609-X Walker, John M. The Proteomics Protocols Handbook Humana Press, 2005
Semester
Second semester
Assessment method
Among the 8-10 questions are included in the written-oral test on the contents of the course of Proteomics and Metabolomics. The questions are quiz with 4-5 possible answers of which only one is correct. Among them, there is always an open one and some that may require the execution of calculations or interpretation of mass spectrums (MS / MS) of peptides. The oral examination will be done based on the written/orals questions.
Office hours
Every day upon appointment
