- Analysis of Biomolecules
- Summary
Course Syllabus
Obiettivi
L'insegnamento fornirà allo studente la descrizione dei principali metodi spettroscopici e spettrometrici utilizzati per l’analisi di molecole di piccole e medie dimensioni (metaboliti primari e secondari, piccole molecole di sintesi, peptidi, oligonucleotidi, oligosaccaridi).
In particolare verranno descritte le spettroscopie infrarossa (IR) e di Risonanza magnetica Nucleare (NMR) e la spettrometria di massa (MS).
Le esercitazioni pratiche consentiranno allo studente di apprendere la metodologia di identificazione della struttura chimica di una molecola organica a partire dai relativi spettri, anche con il supporto di siti web di spettri disponibili per scopi didattici.
Conoscenze e capacità di comprensione
Al termine di questa attività formativa, lo studente sarà in grado di:
1. descrivere i principi alla base della spettroscopia, della spettrometria di massa (MS) e della spettroscopia NMR;
2. descrivere le principali caratteristiche di uno spettro IR, di MS ed NMR e le informazioni in essi contenute;
3. descrivere le componenti fondamentali di strumenti MS;
4. descrivere le principali reazioni di frammentazione di molecole organiche che possono aver luogo in una sorgente di ionizzazione;
5. individuare nuclei attivi e sperimentalmente studiabili con la spettroscopia NMR;
6. descrivere le principali caratteristiche degli spettri NMR bidimensionali e le informazioni in essi contenute;
7. descrivere le principali applicazioni di IR, MS ed NMR allo studio delle biomolecole.
Capacità di applicare le conoscenze acquisite
Al termine di questa attività formativa, lo studente sarà in grado di:
1. correlare la frequenza e l'intensità delle bande presenti in uno spettro IR alla struttura dei composti organici e alle strutture secondarie delle proteine;
2. prevedere l’aspetto degli spettri IR, MS e NMR di semplici biomolecole organiche;
3. correlare dati sperimentali ottenuti da spettri IR, MS e NMR alle caratteristiche strutturali delle molecole organiche;
4. analizzare spettri di MS, IR e NMR determinando grandezze utili quali il rapporto m/z, le abbondanze relative degli ioni, i chemical shift, le costanti di accoppiamento.
Autonomia di giudizio
Al termine di questa attività formativa, lo studente sarà in grado di:
1. scegliere le tecniche analitiche più adatte all'analisi strutturale di una molecola d'interesse;
2. selezionare le tecniche più adatte ad ottenere specifiche informazioni strutturali e conformazionali, nonché a studiare fenomeni di interazione molecolare;
4. attribuire i segnali presenti nello spettro 1H-NMR di una biomolecola a basso peso molecolare sulla base di spettri NMR mono- e bi-dimensionali (COSY, 2D-TOCSY, 2D-NOESY, HSQC).
Abilità comunicative
Alla fine dell'insegnamento lo studente saprà esprimersi in modo appropriato nella descrizione delle tematiche affrontate con proprietà di linguaggio e sicurezza di esposizione.
Capacità di apprendimento
Al termine di questa attività formativa, lo studente sarà in grado di:
1. raccogliere e comprendere le nuove informazioni utili per razionalizzare le proprietà strutturali di composti organici di interesse biologico;
2. raccogliere e comprendere le informazioni circa l'evoluzione delle tecniche spettroscopiche e spettrometriche nel contesto dell'analisi di biomolecole e delle loro interazioni molecolari.
Contenuti sintetici
Teoria e applicazioni delle spettroscopie IR ed NMR e della spettrometria di massa all'analisi di biomolecole.
Programma esteso
Spettroscopia IR
Teoria della risonanza IR; bande caratteristiche delle classi di composti organici; discussione dettagliata delle modalità di assorbimento ed emissione della radiazione IR in relazione alla struttura molecolare.
Spettrometria di massa
Principi della spettrometria di massa; massa esatta; sorgenti e analizzatori usati negli spettrometri di massa; applicazioni della spettroscopia di massa allo studio delle proteine
Spettroscopia NMR
Il fenomeno dello spin nucleare; nuclei dotati di spin; il fenomeno dello spostamento chimico; l’accoppiamento di spin; gli spettri dell’idrogeno e del carbonio; lo spettrometro NMR a trasformata di Fourier; acquisizione dei dati e trasformazione del segnale; il trasferimento di magnetizzazione nello spazio e l’effetto NOE; spettri bidimensionali (COSY, TOCSY, NOESY ed HSQC); interpretazione di spettri di piccole molecole organiche (metaboliti, sostanze di sintesi); applicazioni delle spettroscopia NMR a studi di riconoscimento molecolare e al disegno razionale di farmaci.
Prerequisiti
Prerequisiti. Conoscenze base di chimica organica.
Propedeuticità. Nessuna
Modalità didattica
Lezioni frontali ed esercizi pratici in aula sull'interpretazione di spettri.
L'insegnamento verrà tenuto in lingua italiana
Materiale didattico
Slides. A disposizione sulla piattaforma e-learning dell'insegnamento.
Dispense. A disposizione sulla piattaforma e-learning dell'insegnamento.
Testi consigliati.
“Spectrometric Identification of Organic Compounds” R. M. Silverstein, F. X. Webster, D. Kiemle
“Guida Pratica alla interpretazione di Spettri NMR”, Antonio Randazzo.
Periodo di erogazione dell'insegnamento
Primo semestre
Modalità di verifica del profitto e valutazione
Esame scritto, basato su domande sulla teoria e sulle applicazioni di IR, MS e NMR, e la risoluzione di un esercizio che comporta l'assegnamento delle risonanze di una biomolecola a basso peso molecolare sulla base di spettri NMR mono- e bi-dimensionali. Lo scritto dura 2 ore.
Orario di ricevimento
Ricevimento su appuntamento richiesto via mail al docente.
Sustainable Development Goals
Aims
The main aim of the course is providing the description of the main spectroscopic and spectrometric methods used the analysis of small and medium-sized molecules (primary and secondary metabolites, small synthetic molecules, peptides, oligonucleotides, oligosaccharides). In particular, infrared spectroscopy (IR), mass spectrometry (MS) and Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy will be described.
Practical exercises will allow the student to familiarize with the identification of the chemical structure of an organic molecule starting from the corresponding spectra, also by the use of web resources of spectra available for educational purposes.
Knowledge and understanding skills
At the end of this training activity, the student will be able to:
1. describe the basic principles underlying IR spectroscopy, MS and NMR spectroscopy;
2. describe the main features of an IR, MS and NMR spectrum and the information contained therein;
3. describe the fundamental components of MS instrumentation;
4. describe the main fragmentation reactions of organic molecules that can take place in an ionization source;
5. identify NMR active nuclei;
6. describe the main features of mono- and two-dimensional NMR spectra and the information contained therein;
7. describe the main applications of IR, MS and NMR to the study of biomolecules.
Ability to apply knowledge and understanding
At the end of this training activity, the student will be able to:
1. correlate the frequency and intensity of the bands present in an IR spectrum to the structure of organic compounds and to the secondary structures of proteins;
2. provide the appearance of the MS and NMR spectra of simple organic biomolecules;
3. correlate experimental data obtained from MS and NMR spectra to the structural properties of bioorganic molecules;
4. analyze spectra of MS and NMR by determining useful quantities such as the m / z ratio, the relative abundances of the ions, the chemical shift, the coupling constants.
Making judgements
At the end of this training activity, the student will be able to:
1. choose the best analytical techniques for the structural analysis of a molecule of interest;
2. select the most suitable techniques to obtain specific structural and conformational information, as well as to study molecular interaction phenomena;
4. assign the signals present in the 1H-NMR spectrum of a low molecular weight biomolecule on the basis of mono- and bi-dimensional NMR spectra (COSY, 2D-TOCSY, 2D-NOESY, HSQC).
Communication skills
Use of an appropriate scientific/chemical vocabulary and ability in oral reports.
Learning skills
At the end of this training activity, the student will be able to:
1. to collect and understand the new information useful for rationalizing the structural properties of organic compounds of biological interest;
2. to collect and understand information about the evolution of spectroscopic and spectrometric techniques in the context of the analysis of biomolecules and their molecular interactions.
Contents
Theory and applications of IR and NMR spectroscopy and mass spectrometry to the analysis of biomolecules.
Detailed program
IR spectroscopy
IR resonance theory; characteristic bands of the classes of organic compounds; detailed discussion of correlation between the absorption and emission of IR radiation and the molecular structure.
Mass spectrometry
Basic principles of mass spectrometry; exact mass; sources and analyzers used in mass spectrometry; mass spectroscopy applications to the study of proteins
NMR spectroscopy
Nuclear spin and NMR; chemical shift; spin-spin coupling; 1H and 13C spectroscopy; Fourier transform NMR spectrometer; data acquisition and spectrum processing; NOE effect; two-dimensional spectra (COSY, TOCSY, NOESY and HSQC); interpretation of spectra of small organic molecules (metabolites, synthetic compounds); applications of NMR spectroscopy to molecular recognition studies and to the rational design of drugs.
Prerequisites
Background. Basic knowledge of organic chemistry.
Prerequisites. None
Teaching form
Classroom lectures and training on the interpretation of spectra
Textbook and teaching resource
Slides. Available at the e-learning platform.
Handout. Available at the e-learning platform. Recommended text books.
Spectrometric Identification of Organic Compounds" R. M. Silverstein, F. X. Webster, D. Kiemle
Guide to the interpretation of NMR Spectra, Antonio Randazzo.
Semester
First semester
Assessment method
Written examination, based on questions on the basics and applications of IR, MS and NMR, and the resolution of an exercise concerning the assignment of the resonances of a low molecular weight biomolecule based on mono- and bi-dimensional NMR spectra, to be completed in two hours.
Office hours
Contact: on demand by mail to the lecture