Course Syllabus
Obiettivi
Il Corso si propone di introdurre e sviluppare argomenti e problematiche relative alle Biotecnologie Microbiche: si prenderanno in esame applicazioni industriali potenziali o realizzate che si basano sull'utilizzo di microrganismi e verrà messo in luce il ruolo di tali processi in diversi settori della Bioeconomia Circolare. In particolare, si spiegheranno i principi e gli strumenti dell’ingegneria metabolica, così come quelli della biologia sintetica, per l’ottenimento di cell factories avanzate o di comunità sintetiche che possano non solo portare allo sviluppo di bioprocessi, ma anche al loro controllo quali-quantitativo.
Conoscenza e capacità di comprensione.
Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà saper valutare i principi base, sia di carattere biologico che di processo, necessari per lo sviluppo di processi industriali che si basano su microorganismi ricombinanti. Il corso si propone quindi di fornire gli strumenti per poter studiare gli aspetti molecolari e metabolici che limitano rese, produzioni e produttività attuali così che si possano pianificare gli interventi per sviluppare bioprocessi di nuova generazione che portino ad una decarbonizzazione delle attuali produzioni. Include quindi la progettazione di ceppi microbici di interesse industriale, la creazione di comunità sintetiche, lo sviluppo di circuiti molecolari, di biosensori, di sistemi di riprogrammazione, tutti volti al miglioramento delle cell factories. Lo studente dovrà essere in grado di sviluppare analisi comparate delle caratteristiche di diverse cell factories per le varie produzioni avanzate della industria biotecnologica in campi diversi quali quello alimentare, farmacologico e sanitario, nella produzione di fine-chemicals, ma anche per processi per la salvaguardia dell’ambiente e recuperi energetici (Bioeconomia Circolare).
Capacità di applicare conoscenza e comprensione.
Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà essere in grado di applicare le conoscenze acquisite a metodologie biosintetiche per processi industriali. In particolare, verrà insegnato come applicare il principio iterativo di DESIGN-BUILD-TEST-LEARN che è alla base delle biotecnologie microbiche in tutte le diverse applicazioni, e che comprende le molte discipline che concorrono al suo crescente successo.
Autonomia di giudizio.
Lo studente dovrà essere in grado di elaborare quanto appreso e saper riconoscere i processi e i problemi in cui le metodologie della microbiologia industriale e biotecnologie delle fermentazioni apprese possano essere utilizzate.
Abilità comunicative.
Alla fine dell'insegnamento lo studente saprà esprimersi in modo appropriato nella descrizione delle tematiche affrontate, nella definizione della terminologia pertinente, con proprietà di linguaggio e sicurezza di esposizione.
Capacità di apprendimento
Alla fine dell'insegnamento lo studente sarà in grado di consultare la letteratura sugli argomenti trattati e saprà analizzare, applicare, integrare e collegare le conoscenze acquisite con quanto verrà appreso in insegnamenti correlati alla produzione di prodotti chimici di interesse merceologico dell'industria biotecnologica.
Contenuti sintetici
Saranno analizzate le ricerche relative allo sviluppo di microorganismi ricombinanti o di consorzi sintetici per la produzione di:
- Metaboliti primari, tra cui alcoli, compresi biocarburanti, e acidi organici
- Metaboliti secondari, tra cui vitamine, aromi, nutraceutici
Saranno inoltre esaminate le tematiche relative alla valorizzazione di biomasse residuali, secondo il concetto di bioraffineria:
3. Ingegneria metabolica, cellular rewiring e adaptive laboratory evolution per lo sviluppo di ceppi robusti
4. Biologia sintetica per l’utilizzo di substrati complessi e per la produzione di prodotti complessi
Programma esteso
L'insegnamento si propone di fornire gli strumenti per poter studiare gli aspetti fisiologici, molecolari e metabolici che limitano rese e produzioni attuali così che si possano pianificare gli interventi per sviluppare i bioprocessi di nuova generazione, secondo il ciclo iterativo di Design-Build-Test-Learn. Il corso ben si presta quindi a collegarsi con diversi altri insegnamenti da cui sia possibile trarre metodologie e nozioni.
In particolare verranno approfondite le seguenti tematiche:
- Metabolismo, ingegneria metabolica e biologia sintetica (incluse applicazioni di genome editing attraverso tecnologie CRISPR-Cas classiche e derivate, metabolosomi artificiali, ingegnerizzazione di membrane, con focus sui trasportatori, biosensori e riboswitch)
2. Sviluppo di microorganismi ricombinanti e di consorzi sintetici per la produzione di metaboliti primari e secondari: concetti generali e case studies
- Esempi di Bioraffinerie basate su microbial cell factories per utilizzo di biomasse di seconda, terza e quarta generazione, con richiamo a concetto di sostenibilità e life cycle assessment, in riferimento alle strategie indicate nel Green Deal e delineate nei Sustainable Development Goals dell’agenda ONU 2030
Prerequisiti
Conoscenze di biochimica, microbiologia industriale, biologia molecolare e genetica, tecniche e tecnologie bioreattoristiche.
Propedeuticità: nessuna
Modalità didattica
Lezioni frontali supportate da presentazioni in PowerPoint e approfondimenti alla lavagna. L’approccio metodologico prevede una ricostruzione del processo logico che ha guidato la sperimentazione e che ha portato alla comprensione dei meccanismi alla base dei bioprocessi e i progressi derivanti dalle tecniche di ingegneria metabolica, diretta ed inversa, nonché di biologia sintetica. Il lavoro viene svolto alternando lezioni con lavori di gruppo guidati dal docente, così come le conseguenti esposizioni e dialettica.
L'insegnamento è tenuto in lingua italiana
Materiale didattico
Il materiale presentato durante le lezioni (slide e articoli scientifici, siti web) è disponibile alla pagina e-learning dell'insegnamento.
Periodo di erogazione dell'insegnamento
Secondo semestre
Modalità di verifica del profitto e valutazione
La verifica delle conoscenze apprese verrà effettuata mediante una prova d’esame orale. Durante la prova, lo studente dovrà presentare un articolo scientifico scelto tra un gruppo di articoli suggeriti quale approfondimento alle lezioni svolte. Per gli studenti che avranno seguito il corso e svolto l'esercizio conclusivo, l'articolo sarà quello elaborato nel lavoro di gruppo. Inoltre, dovrà presentate 1 argomento richiesto con una risposta ampia ed articolata. A seguire, eventuali domande più specifiche, che richiedono risposte concise ma esaustive, completano l’esame.
Orario di ricevimento
Ricevimento: su appuntamento, previa e-mail al docente, oppure durante lo svolgimento del corso.
Sustainable Development Goals
Aims
The course aims to introduce and develop topics and problems related to microbial biotechnologies: they will be taken into potential or realized industrial applications that are based on the use of microorganisms and will highlight the role of these processes in different sectors of the circular bioeconomy. In particular, the principles and tools of metabolic engineering will be explained, as well as those of synthetic biology, for obtaining advanced cell factories or synthetic communities that can not only lead to the development of bioprocesses, but also to their quantitative control.
Knowledge and understanding
At the end of the course, the student will have to be able to evaluate the basic principles necessary for the development of industrial processes based on recombinant microorganisms. The course therefore aims to provide the tools to study the molecular and metabolic aspects that limit current yields, productions and productivities so that interventions can be planned to develop new generation bioprocesses that lead to a decarbonisation of current productions. It therefore includes the design of microbial strains of industrial interest, the creation of synthetic communities, the development of molecular circuits, biosensors, reprogramming systems, all aimed at improving cell factories. The student will be able to develop comparative analyses of the characteristics of different cell factories for the various advanced productions of the biotechnological industry in different fields such as food, pharmacology and health, in the production of fine chemicals, but also for processes for the protection of environment and energy recovery (Circular Bioeconomy).
Applying knowledge and understanding
At the end of the course the student must be able to apply the acquired knowledge to biosynthetic methodologies for industrial processes. In particular, it will be taught how to apply the iterative principle of DESIGN-BUILD-TEST-LEARN which underlies microbial biotechnology in all its different applications, and which encompasses the many disciplines that contribute to its growing success.
Making judgements
The student must be able to personalise what has been learned and be able to recognize the processes and problems in which the methodologies of industrial microbiology and fermentations can be used.
Communication skills
At the end of the course the student will be able to express himself appropriately in the description of the topics addressed, in the definition of the pertinent terminology, with properties of language and consciousness in exposure.
Learning skills
Skills in literature reading and understanding, skills in the elaboration of interconnections among the
course-related knowledge and other subjects related to industrial bio-based microbial processes and biorefineries.
Contents
Research related to the development of recombinant microorganisms or synthetic consortia for the production of:
1. Primary metabolites, including alcohols, including biofuels, and organic acids
2. Secondary metabolites, including vitamins, flavors, nutraceuticals
The issues relating to the valorisation of residual biomass will also be examined, according to the concept of biorefinery:
3. Metabolic engineering, cellular rewiring and adaptive laboratory evolution for the development of robust strains
- Synthetic biology for the use of complex substrates and for the production of complex products
Detailed program
The course aims to provide the tools to be able to study the physiological, molecular and metabolic aspects that limit current yields and productions so that interventions can be planned to develop new generation bioprocesses, according to the iterative cycle of Design-Build-Test -Learn. The course is therefore well suited to connect with various other teachings from which it is possible to draw methodologies and concepts.
In particular, the following topics will be explored:
1. Metabolism, metabolic engineering and synthetic biology (including genome editing applications through classical and derived CRISPR-Cas technologies, artificial metabolosomes, membrane engineering, with focus on transporters, biosensors and riboswitches)
2. Development of recombinant microorganisms and synthetic consortia for the production of primary and secondary metabolites: general concepts and case studies
3. Examples of Biorefineries based on microbial cell factories for the use of second, third and fourth generation biomass, with reference to the concept of sustainability and life cycle assessment, with reference to the strategies indicated in the Green Deal and outlined in the Sustainable Development Goals of the agenda UN 2030
Prerequisites
Knowledge of biochemistry, industrial microbiology, molecular and genetic biology, bioreactoristic techniques and technologies. Prerequisites: none
Teaching form
Lectures supported by PowerPoint presentations and blackboard insights. The
methodological approach involves a reconstruction of the logical process that
guided the experimentation and that led to the understanding of the mechanisms
underlying the bioprocesses and the progress deriving from direct and reverse
metabolic engineering techniques, as well as synthetic biology. The work is
carried out by alternating lessons with group work led by the teacher, as well
as the consequent exhibitions and dialectics.Teaching language: italian
Textbook and teaching resource
Learning material (slides of the lessons, suggested websites and recommended publications) is available at the e-learning web page of the course.
Semester
Second semester
Assessment method
The assessment of the knowledge learned will be carried out by an oral exam at the end of the course. During the exam, the student will have to present one scientific article, among a number that are suggested for each year course, to answer to one open question to articulate giving a complete picture of the requested subject, from general to specific aspects. For students who have attended the course and completed the final exercise, the article will be the one elaborated in the group work. Finally, few specific questions might be also asked.
Office hours
Contact: on demand, upon request by mail to lecturer or during the lecture.