Course Syllabus
Obiettivi
Fornire allo studente le conoscenze delle tecniche diagnostiche da applicare nel Laboratorio Biomedico per la diagnosi delle malattie infettive.
Contenuti sintetici
Lo studente deve sapere:
- Raccolta, conservazione e trattamento dei campioni microbiologici.
- Semina dei campioni microbiologici: esame colturale
- Colorazione vetrini con colorazioni specifiche.
- Lettura dei vetrini da colonie o da materiale biologico.
- Tecniche per passaggi di sottocolture, arricchimenti e reisolamenti.
- Letture di identificazioni presuntive con test rapidi e classici e definitive di genere e specie con conferme sierologiche definitive.
- Allestimento e validazione tecnica dell'antibiogramma
- Controlli di qualità: interno CQI ed esterni VEQ (regione lombardia e Neqas – inglese).
- Studio di alert, malattie infettive ed infezioni ospedaliere.
- Rischio biologico in laboratorio.
Programma esteso
- Ruolo del laboratorio di microbiologia.
- Prevenzione e controllo delle infezioni in laboratorio: norme generali di comportamento, vie di esposizione associate alle attività di laboratorio.
- Criteri di classificazione dei microrganismi in classi di pericolosità.
- Requisiti minimi del laboratorio di microbiologia.
- Procedure microbiologiche standardizzate.
- Il controllo di qualità in microbiologia: definizioni, protocolli operativi, carte di controllo, comuni fonti di errore, controllo dei test di sensibilità, ceppi standardizzati di controllo, controllo di qualità interno ed esterno.
- Il percorso diagnostico: appropriatezza della fase preanalitica, definizioni, raccolta, trasporto ed identificazione del campione clinico, criteri per definire un campione non idoneo e gestione delle non conformità.
Diagnosi microbiologica diretta:
- Esame microscopico e tecniche di preparazione, osservazione, e di colorazione dei campioni.
- Esame colturale: tecniche di semina e di isolamento in coltura dei microrganismi; terreni di coltura e tecniche di inoculo; terreni di uso comune nel laboratorio di microbiologia e caratteristiche di crescita dei microrganismi.
- Determinazione di specie presuntiva: aspetto macroscopico e aspetto microscopico delle colonie dopo colorazione.
- Identificazioni biochimiche con strumentazione automatica, test della catalasi, test della coagulasi, test della citocromo-ossidasi, test della mobilita', test dell'ureasi, test all'indolo, test voges-poskauer, test agar ferro tre zuccheri, test bile-esculina, reazioni di fermentazione, reazioni di decarbosilazione, test utilizzo del citrato, test riduzione dei nitrati, test idrolisi dell'ippurato; identificazioni sierologiche.
- Metodi essenziali per l'identificazione di batteri e funghi: identificazioni biochimiche con strumentazione automatica, identificazione maldi-tof: generalità e preparazione dei campioni.
- Test di sensibilità agli agenti antimicrobici: tecniche di diffusione in agar, microdiluizione, agardiluizione, test di sensibilità dell'epsilometro e sistemi automatizzati;
- Interpretazione dell'antibiogramma secondo le linee guida EUCAST.
- Metodi specifici per la rilevazione delle resistenze.
Diagnosi microbiologica indiretta:
Tecniche immunoenzimatiche, immunofluorescenza, immunoblot, saggi in chemioluminescenza.
Infezioni intravasali e cardiache
- Definizioni, infezioni del sangue: emocoltura - fattori determinanti l'esito dell'emocoltura e modalità di prelievo.
- Sistemi per emocoltura, terreni utilizzati, conservazione dei campioni, strumentazione utilizzata e principio del test, precauzioni preanalitiche, interpretazione dei risultati, variabili e criticità dell'emocoltura, metodi molecolari, tecnica quick-fisch.
- Infezioni da catetere venoso centrale: tecniche diagnostiche.
- Microbiologia dei liquidi sterili: amniosite, pericardite, peritonite, pleurite, artrite settica, borsite - indagini e tecniche di laboratorio, diagramma di flusso.
Infezioni delle vie aeree superiori ed inferiori
- Generalità, raccolta del materiale biologico ed idoneità dei campioni raccolti.
- Microrganismi patogeni e loro caratteristiche tintoriali, di isolamento in terreni specifici, di identificazione;
- Tecniche di laboratorio e diagrami di flusso
Il laboratorio di mycobatteriologia: generalità, sicurezza degli operatori, cratteristiche tintoriali, colturali e di identificazione, tecniche di decontaminazione del campione, sistemi automatici di rilevazione.
Rilevazione in immunofluorescenza diretta e molecolare di virus respiratori.
Infezioni dell'apparato genito-urinario
- Generalità, microganismi implicati, tipologia e raccolta dei campioni, diagrammi di flusso.
- Metodi e tecniche colturali: semina dei campioni, conta batterica, terreni utilizzati, tecniche di identificazione tintoriali, biochimiche, sierologiche.
- Infezioni genitali: infezioni sessualmente trasmissibili; generalità, modalità di prelievo dei campioni biologici, microrganismi responsabili, tecniche diagnostiche di isolamento ed identificazione, indagini sierologiche e molecolari.
Infezioni del sistema nervoso centrale
- Generalità, meningite- tipologia ed eziologia.
- Diagnosi di meningite: prelievo e trasporto del liquor, caratteristiche del liquor, meningiti virali e batteriche.
- Diagnosi di laboratorio: tecniche microbiologiche microscopiche, colturali, sierologiche, molecolari.
Infezioni dell'apparato gastroenterico
- Generalita', indagini e tecniche di laboratorio.
- Parassitosi intestinali: generalità, cicli biologici dei patogeni implicati, raccolta e trattamento dei campioni.
- Tecniche diagnostiche dirette ed indirette: colorazioni permanenti
- Tecniche in immunofluorescenza, tecniche EIA, tecniche molecolari, tecniche colturali, indagini sierologiche.
Infezioni da artropodi
Modalità didattica
Tutte le lezioni sono svolte in presenza in modalità erogativa:
- 8 lezioni da 2 ore svolte in modalità erogativa in presenza
Materiale didattico
E. W.Koneman, S.D.Allen, W.M.Janda, Introduzione alla Microbiologia, Antonio Delfino Editore.
SOPs consultabili sul sito della Health Protection Agency, all’indirizzo:
http://www.hpa-standardmethods.org.uk/pdf_sops.asp
AMCLI Percorsi diagnostici
EUCAST www.eucast.org
Periodo di erogazione dell'insegnamento
Primo semestre
Modalità di verifica del profitto e valutazione
Prova orale per il controllo della prepazione sulle tecniche di microbiologia, per la valutazione delle capacità di riflessione autonoma e per il controllo delle capacità comunicative in ambito disciplinare.
Orario di ricevimento
Su appuntamento richiesto per mail
Sustainable Development Goals
Aims
To provide basic knowledge of diagnostic techniques of clinical microbiology
Contents
Student’s skills:
- Collection, transportation and treatment of biological samples.
- Techniques of culture, identification, interpretation.
- Quality controls: CQI and VEQ in Clinical Microbiology lab.
- Alert study, infectious diseases and nosocomial infections.
- The biological risk in Microbiology lab.
Detailed program
- Role of the microbiology laboratory.
- Prevention and control of infections in the laboratory: general rules of conduct, routes of exposure associated with laboratory activities.
- Criteria for classifying microorganisms into danger classes.
- Minimum microbiology laboratory requirements.
- Standardized microbiological procedures.
- Quality control in microbiology: definitions, operational protocols, control charts, common sources of error, control of susceptibility tests, standardized control strains, internal and external quality control.
- The diagnostic path: appropriateness of the pre-analytical phase, definitions, collection, transport and identification of the clinical sample, criteria for defining an unsuitable sample and management of non-conformities.
Direct microbiological diagnosis:
- Microscopic examination and sample preparation, observation and staining techniques.
- Cultural examination: techniques of sowing and isolation of microorganisms in culture; culture media and inoculation techniques; media commonly used in the microbiology laboratory and growth characteristics of microorganisms.
- Determination of presumptive species: macroscopic appearance and microscopic appearance of the colonies after staining.
- Biochemical identifications with automatic instrumentation, catalase test, coagulase test, cytochrome oxidase test, mobility test, urease test, indole test, voges-poskauer test, three-sugar iron agar test, bile test- aesculin, fermentation reactions, decarboxylation reactions, citrate use test, nitrate reduction test, hippurate hydrolysis test; serological identifications.
- Essential methods for the identification of bacteria and fungi: biochemical identifications with automatic instrumentation, maldi-tof identification: general information and sample preparation.
- Susceptibility testing to antimicrobial agents: agar diffusion techniques, microdilution, agardilution, epsilometer susceptibility testing and automated systems;
- Interpretation of the antibiogram according to EUCAST guidelines.
- Specific methods for detecting resistance.
Indirect microbiological diagnosis:
Immunoenzymatic techniques, immunofluorescence, immunoblot, chemiluminescence assays.
Intravascular and cardiac infections
- Definitions, blood infections: blood culture - factors determining the outcome of the blood culture and sampling methods.
- Blood culture systems, media used, sample conservation, instrumentation used and test principle, pre-analytical precautions, interpretation of results, variables and critical issues of blood culture, molecular methods, QUICK-FISCH technique.
- Central venous catheter infections: diagnostic techniques.
- Microbiology of sterile liquids: amnionitis, pericarditis, peritonitis, pleurisy, septic arthritis, bursitis - laboratory investigations and techniques, flow chart.
Upper and lower respiratory tract infections
- General information, collection of biological material and suitability of the collected samples.
- Pathogenic microorganisms and their dyeing characteristics, isolation in specific media, identification;
- Laboratory techniques and flow charts
The mycobacteriology laboratory: general information, operator safety, dyeing, cultural and identification characteristics, sample decontamination techniques, automatic detection systems.
Direct and molecular immunofluorescence detection of respiratory viruses.
Infections of the genitourinary system
- General information, microorganisms involved, type and collection of samples, flow diagrams.
- Culture methods and techniques: sowing of samples, bacterial count, media used, dyeing, biochemical, serological identification techniques.
- Genital infections: sexually transmitted infections; general information, methods of collection of biological samples, responsible microorganisms, diagnostic isolation and identification techniques, serological and molecular investigations.
Central nervous system infections
- General information, meningitis - typology and etiology.
- Diagnosis of meningitis: collection and transport of CSF, characteristics of CSF, viral and bacterial meningitis.
- Laboratory diagnosis: microscopic, cultural, serological, molecular microbiological techniques.
Infections of the gastrointestinal tract
- General information, investigations and laboratory techniques.
- Intestinal parasitoses: general information, biological cycles of the pathogens involved, collection and treatment of samples.
- Direct and indirect diagnostic techniques: permanent staining
- Immunofluorescence techniques, EIA techniques, molecular techniques, culture techniques, serological investigations.
Arthropod infections
Teaching form
All lessons are held in person in delivery mode:
- 8 lessons of 2 hours carried out in presence mode
Textbook and teaching resource
E. W.Koneman, S.D.Allen, W.M.Janda, Introduzione alla Microbiologia, Antonio Delfino Ed.
Download SOPs of Health Protection Agency, from website: http://www.hpa-standardmethods.org.uk/pdf_sops.asp
AMCLI Percorsi diagnostici
EUCAST www.eucast.org
Semester
First semester
Assessment method
Oral test to check preparation on microbiology techniques, to assess independent thinking skills, and to check communication skills in disciplinary field.
Office hours
On appointment requested by mail
