- Bioinorganic Chemistry
- Summary
Course Syllabus
Obiettivi
L'obiettivo del corso è quello di illustrare proprietà, strutture, reattività, funzioni biologiche e metodi di caratterizzazione dei composti di rilevanza bioinorganica.
Contenuti sintetici
- Introduzione alla chimica bioinorganica
- Metodi fisici e spettroscopici per la caratterizzazione e lo studio di sistemi bioinorganici
- Fondamenti della teoria del trasferimento elettronico (teoria di Marcus e quantum tunneling);
- Struttura e funzione delle metallo proteine per il trasferimento elettronico
- Trasporto degli elettroni: il caso della citocromo c ossidasi
- Fotosintesi e PSII
- Trasposto, detossificazione e attivazione di O₂
- Ruolo dei metalli nelle malattie: il caso del rame nelle malattie neurodegenerative
- Attivazione e catalisi di piccole molecole (CO₂, CH₄, CO, H₂)
- eme e non-eme metallo proteine per l'attivazione di substrati recalcitranti
Programma esteso
Introduzione.
- Gli elementi chimici della tavola periodica nei sistemi viventi
- Concetto di elemento essenziale
- Metallo enzimi, metallomica omeostasi/disomeistasi dei metalli
- Cicli biogeochimici dei principali elementi implicati nella chimica degli organismi viventi, ruolo delle metalloproteine nei processi cellulari, modulazione delle proprietà termodinamiche e cinetiche dei metalli da parte delle proteine.
Proprietà dei composti inorganici di rilevanza biologica (cofattori, metallo-proteine, complessi tra metalli e acidi nucleici).
Ruolo strutturale e catalitico degli ioni metallici nei sistemi viventi.
- Richiami di biochimica: struttura delle proteine, delle membrane e dei principali cofattori;
- Proteine di membrana e loro struttura
- Proprietà stereo elettroniche dei cofattori metallici
- Composti biomimetici
Tecniche di studio nella chimica bioinorganica: cristallografia XRD e cryoEM, spettroscopie, ciclo-voltametria e approcci della chimica quantistica e computazionale
Trasferimento elettronico nelle metallo proteine
- Teoria di Marcus e quantum tunneling
- Proteine per il trasferimento elettronico e caratterizzazione dei cofattori (cluster Fe-S, gruppi eme e centri Cu)
- andamento delle costanti di velocità di ET al variare della distanza tra i centri redox
Trasporto degli elettroni: il caso del citocromo-c ossidasi (cco, complesso IV)
- Richiami di metabolismo cellulare: principali cammini negli organismi eucarioti, respirazione cellulare e catena di trasporto degli elettroni
- Struttura del complesso proteico cco e struttura dei cofattori metallici
- Meccanismo di riduzione dell’ossigeno e di traslocazione protonica
Attivazione dell’ossigeno molecolare e detossificazione da ROS
- Introduzione del ciclo biogeologico dell’ossigeno e Great Oxidation Event
- ROS nei sistemi viventi
- Metallo enzimi coinvolti nei processi di detossificazione da ROS (SOD, SOR e catalasi e loro meccanismi di azione)
Disomeostasi dei metalli di transizione: il caso del rame nella malattia di Alzheimer
- Introduzione alla malattia di Alzheimer (AD)
- Le ipotesi eziologiche in AD (cascata amiloidea, stress ossidativo, disomeostasi dei metalli)
- Interazione rame- peptide amiloide e catalisi della riduzione dell’ossigeno a radicali ossidrilici
- Propagazione dei radicali OH e stress ossidativo
Attivazione delle piccole molecole (1) – protoni ed H₂
- Le idrogenasi e loro classificazione (FeFe, NiFe e Fe-only H2ase)
- FeFe e NiFe idrogenasi: funzione, struttura e meccanismo catalitico
Attivazione delle piccole molecole (2) – CO₂
- Attivazione della CO2 a livello chimico e biologico
- Organismi acetogeni e pathway di Wood-Ljungdahl pathway
- Metallo enzimi coinvolti nell’attivazione della CO2 negli acetogeni: CODH, complesso CODH-ACS e FDH
Attivazione delle piccole molecole (3) – CH₄
- Introduzione agli archeobatteri - microorganismi metanogeni e matanotrofi
- Pathway metabolico di riduzione della CO₂ a CH₄ nei metanogeni
- Struttura e meccanismo della Metil Coenzima M reduttasi (MCR)
- Pathway metabolico ossidazione del CH₄ nei metanotrofi
- Struttura e meccanismo della metano monoossigenasi (MMO)
Eme e non heme metallo proteine per l'attivazione di substrati recalcitranti
- Laccasi
- Lignine-perossidasi
Prerequisiti
Conoscenze di base di biochimica (proteine, DNA e RNA, percorsi metabolici etc) e delle propietà chimico-fisiche degli ioni metallici e dei composti di coordinazione
Modalità didattica
21 lezioni da 2 ore in presenza, Didattica Erogativa
Materiale didattico
I. Bertini, H.B. Gray, E.I. Stiefel, E.S. valentine "Biological Inorganic Chemistry: Structure and Reactivity" University Science Books, Sausalito, California
Slides delle lezioni del corso
Articoli scientifici selezionati inerenti le tematiche del corso
Periodo di erogazione dell'insegnamento
Primo anno LM - Secondo Semestre
Modalità di verifica del profitto e valutazione
Esame orale
Orario di ricevimento
Su appuntamento tramite email a luca.bertini@unimib.it
Sustainable Development Goals
Aims
The aim of the course is to illustrate properties, structures, reactivity, biological functions and methods of characterization of compounds of bioinorganic relevance.
Contents
Introduction to bioinorganic chemistry
Physical and spectroscopic methods for the characterization and study of bioinorganic systems
Fundamentals of electron transfer theory (Marcus theory and quantum tunneling);
Structure and function of metal proteins for electron transfer
Electron transport: the case of cytochrome c oxidase
Photosynthesis and PSII
Detoxification and activation of O2
Role of metals in diseases: the case of copper in neurodegenerative diseases
Activation and catalysis of small molecules (CO2, CH4, CO, H2)
Heme and non-heme metallo proteins for the activation of recalcitrant substrates
Detailed program
Sure, here is the translation:
Introduction
- Chemical elements of the periodic table in living systems
- Concept of essential elements
- Metalloenzymes, metallomics, metal homeostasis/dyshomeostasis
- Biogeochemical cycles of major elements involved in the chemistry of living organisms, role of metalloproteins in cellular processes, modulation of thermodynamic and kinetic properties of metals by proteins.
Properties of biologically relevant inorganic compounds (cofactors, metalloproteins, metal-nucleic acid complexes).
Structural and catalytic roles of metal ions in living systems
- Biochemistry review: structure of proteins, membranes, and major cofactors
- Membrane proteins and their structure
- Stereoelectronic properties of metal cofactors
- Biomimetic compounds
Techniques for studying bioinorganic chemistry: XRD crystallography and cryoEM, spectroscopies, cyclic voltammetry, and quantum and computational chemistry approaches
Electron transfer in metalloproteins
- Marcus theory and quantum tunneling
- Electron transfer proteins and characterization of cofactors (Fe-S clusters, heme groups, and Cu centers)
- Trends in ET rate constants with varying distances between redox centers
Electron transport: the case of cytochrome-c oxidase (cco, complex IV)
- Cellular metabolism review: major pathways in eukaryotic organisms, cellular respiration, and electron transport chain
- Structure of the cco protein complex and structure of metal cofactors
- Mechanism of oxygen reduction and proton translocation
Activation of molecular oxygen and ROS detoxification
- Introduction to the biogeochemical cycle of oxygen and the Great Oxidation Event
- ROS in living systems
- Metalloenzymes involved in ROS detoxification processes (SOD, SOR, and catalase and their mechanisms of action)
Transition metal dyshomeostasis: the case of copper in Alzheimer's disease
- Introduction to Alzheimer's disease (AD)
- Etiological hypotheses in AD (amyloid cascade, oxidative stress, metal dyshomeostasis)
- Copper-amyloid peptide interaction and catalysis of oxygen reduction to hydroxyl radicals
- Propagation of OH radicals and oxidative stress
Activation of small molecules (1) – protons and H₂
- Hydrogenases and their classification (FeFe, NiFe, and Fe-only H₂ase)
- FeFe and NiFe hydrogenases: function, structure, and catalytic mechanism
Activation of small molecules (2) – CO₂
- Chemical and biological activation of CO₂
- Acetogenic organisms and the Wood-Ljungdahl pathway
- Metalloenzymes involved in CO₂ activation in acetogens: CODH, CODH-ACS complex, and FDH
Activation of small molecules (3) – CH₄
- Introduction to archaebacteria - methanogenic and methanotrophic microorganisms
- Metabolic pathway of CO₂ reduction to CH₄ in methanogens
- Structure and mechanism of Methyl Coenzyme M reductase (MCR)
- Metabolic pathway of CH₄ oxidation in methanotrophs
- Structure and mechanism of methane monooxygenase (MMO)
Heme and non-heme metalloproteins for the activation of recalcitrant substrates
- Laccase
- Lignin peroxidase
Prerequisites
Basic knowledge of biochemistry (proteins, DNA and RNA, metabolic pathways, etc.) and of the chemical-physical properties of metal ions and coordination compounds
Teaching form
21 two-hour lectures, in person, Delivered Didactics
Textbook and teaching resource
I. Bertini, H.B. Gray, E.I. Stiefel, E.S. valentine "Biological Inorganic Chemistry: Structure and Reactivity" University Science Books, Sausalito, California
Course slides and scientific papers
Semester
First year LM - Second Semester
Assessment method
Oral examination
Office hours
Write to luca.bertini@unimib.it