Course Syllabus
Obiettivi
Il Corso si propone di introdurre e sviluppare argomenti e problematiche relative alle Biotecnologie Microbiche: si prenderanno in esame applicazioni industriali potenziali o realizzate che si basano sull'utilizzo di microrganismi e verrà messo in luce il ruolo di tali processi in diversi settori della Bioeconomia Circolare. In particolare, si spiegheranno i principi e gli strumenti dell’ingegneria metabolica (accennando solo a quelli della biologia sintetica, che sono oggetto di un corso dedicato), per l’ottenimento di cell factories avanzate o di comunità sintetiche che possano non solo portare allo sviluppo di bioprocessi, ma anche al loro controllo quali-quantitativo.
Conoscenza e capacità di comprensione:
Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà saper valutare i principi base, sia di carattere biologico che di processo, necessari per lo sviluppo di processi industriali che si basano su microorganismi ricombinanti. Il corso si propone quindi di fornire gli strumenti per poter studiare gli aspetti molecolari e metabolici che limitano rese, produzioni e produttività attuali così che si possano pianificare gli interventi per sviluppare bioprocessi di nuova generazione che portino ad una decarbonizzazione delle attuali produzioni. Include quindi la progettazione di ceppi microbici di interesse industriale, volta al miglioramento delle cell factories. Lo studente dovrà essere in grado di sviluppare analisi comparate delle caratteristiche di diverse cell factories per le varie produzioni avanzate della industria biotecnologica in campi diversi quali quello alimentare, farmacologico e sanitario, nella produzione di fine-chemicals, ma anche per processi per la salvaguardia dell’ambiente e recuperi energetici (Bioeconomia Circolare).
Capacità di applicare conoscenza e comprensione.
Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà essere in grado di applicare le conoscenze acquisite a metodologie biosintetiche per processi industriali. In particolare, verrà insegnato come applicare il principio iterativo di DESIGN-BUILD-TEST-LEARN che è alla base delle biotecnologie microbiche in tutte le diverse applicazioni, e che comprende le molte discipline che concorrono al suo crescente successo.
Autonomia di giudizio.
Lo studente dovrà essere in grado di elaborare quanto appreso e saper riconoscere i processi e i problemi in cui le metodologie della microbiologia industriale e biotecnologie delle fermentazioni apprese possano essere utilizzate.
Abilità comunicative.
Alla fine dell'insegnamento lo studente saprà esprimersi in modo appropriato nella descrizione delle tematiche affrontate, nella definizione della terminologia pertinente, con proprietà di linguaggio e sicurezza di esposizione.
Capacità di apprendimento
Alla fine dell'insegnamento lo studente sarà in grado di consultare la letteratura sugli argomenti trattati e saprà analizzare, applicare, integrare e collegare le conoscenze acquisite con quanto verrà appreso in insegnamenti correlati alla produzione di prodotti chimici di interesse merceologico dell'industria biotecnologica.
Contenuti sintetici
PARTE 1: METODOLOGIE
Progettazione della ingegnerizzazione della cell factory (design)
Sviluppo ed evoluzione dei ceppi
Editing genomico di batteri ed eucarioti
PARTE 2: APPLICAZIONI ED ESEMPI
La seconda parte contiene descrizioni approfondite delle applicazioni pratiche dell'ingegneria metabolica, compresi esempi specifici che fanno luce sugli argomenti trattati.
Programma esteso
L'insegnamento si propone di fornire gli strumenti per poter studiare gli aspetti fisiologici, molecolari e metabolici che limitano rese e produzioni attuali così che si possano pianificare gli interventi per sviluppare i bioprocessi di nuova generazione, secondo il ciclo iterativo di Design-Build-Test-Learn. Il corso ben si presta quindi a collegarsi con diversi altri insegnamenti da cui sia possibile trarre metodologie e nozioni.
In particolare verranno approfondite le seguenti tematiche:
- Differenza tra ingegneria genetica ed ingegneria metabolica; relazione tra ingegneria metabolica, biologia sintetica e dei sistemi; stress di processo: robustezza e tolleranza;
- Metodologie relative alla fase di design, relative alla fase di build, di test e di learn;
- Sviluppo di microorganismi ricombinanti per la produzione di metaboliti primari e secondari: concetti generali e case studies;
- Esempi di Biomanufacturing basate su microbial cell factories per utilizzo di biomasse di seconda, terza e quarta generazione, con richiamo a concetto di sostenibilità e life cycle assessment, in riferimento alle strategie indicate nel Green Deal e delineate nei Sustainable Development Goals dell’agenda ONU 2030
Prerequisiti
Conoscenze di biochimica, microbiologia industriale, biologia molecolare e genetica, tecniche e tecnologie bioreattoristiche.
Modalità didattica
Il corso sarà composto da 42 ore di lezioni frontali erogate in 21 lezioni da 2 ore costituite da:
- una parte (circa 2/3 delle lezioni) in modalità erogativa (didattica erogativa, DE) focalizzata sulla presentazione-illustrazione di contenuti, concetti, principi scientifici
- una parte in modalità interattiva (didattica interattiva, DI, circa 1/3 delle lezioni), che prevede interventi didattici integrativi di scambi con corsisti/e, spiegazioni preliminari e esercizi svolti insieme sui case study presentati, volti a familiarizzare con i concetti utilizzati nei lavori di riferimento. Le lezioni di DI saranno intervallate alle lezioni di DE: con i concetti esposti, verrà chiesto ai corsisti/e di fare ipotesi di lavoro, così come una volta chiarite le ipotesi, verranno mostrati risultati sperimentali e insieme verranno esaminati, per comprendere i risultati ottenuti e le implicazioni.
Questo scambio continuo è propedeutico alla acquisizione di competenze, verificata poi nell'esame finale.
Almeno una lezione verrà eseguita con la partecipazione di un ospite esterno, figura di riferimento dell'ingegneria metabolica, se possibile in presenza o alternativamente con l'ospite collegato da remoto. - Le diapositive sono realizzate in lingua inglese, su richiesta il corso può essere erogato in lingua inglese.
Materiale didattico
Diapositive delle lezioni e registrazioni delle lezioni frontali (le diapositive contengono anche i link agli articoli di approfondimento, che sono accessibili da parte degli studenti/esse o perchè pubblicazioni open access o perchè inclusi nel certificato accademico);
Materiale a supporto quali articoli e review di approfondimento, da utilizzare sia per lo studio sia per la preparazione all'esame.
Periodo di erogazione dell'insegnamento
Secondo semestre
Modalità di verifica del profitto e valutazione
La verifica delle conoscenze apprese verrà effettuata mediante una prova d’esame orale, ma nel caso fosse necessario ragionare su alcuni concetti facendo degli schemi, saranno disponibili carta e penna;
Si partirà da uno degli esempi illustrati ed esaminati in modalità interattiva e partecipativa in aula (ricordarsi di studiare gli articoli di riferimento degli esempi presi in esame): l’articolo sarà a scelta del candidato/a;
Verranno chiesti collegamenti con la parte relativa alle metodologie (prima parte del corso);
Verrà chiesto, tramite le competenze acquisite, di proporre approcci per investigare argomenti relativi all’ingegneria metabolica in un contesto di processi biotecnologici avanzati
Orario di ricevimento
Ricevimento: su appuntamento, previa e-mail al docente, oppure personalmente, a lezione.
Sustainable Development Goals
Aims
The course aims to introduce and develop topics and problems related to microbial biotechnologies: they will be taken into potential or realized industrial applications that are based on the use of microorganisms and will highlight the role of these processes in different sectors of the circular bioeconomy. In particular, the principles and tools of metabolic engineering will be explained (mentioning only those in synthetic biology, which are the subject of a dedicated course), for obtaining advanced cell factories or synthetic communities that can not only lead to the development of bioprocesses, but also to their quantitative control.
Knowledge and understanding
At the end of the course, the student will have to be able to evaluate the basic principles necessary for the development of industrial processes based on recombinant microorganisms. The course therefore aims to provide the tools to study the molecular and metabolic aspects that limit current yields, productions and productivities so that interventions can be planned to develop new generation bioprocesses that lead to a decarbonisation of current productions. It therefore includes the design of microbial strains of industrial interest, all aimed at improving cell factories. The student will be able to develop comparative analyses of the characteristics of different cell factories for the various advanced productions of the biotechnological industry in different fields such as food, pharmacology and health, in the production of fine chemicals, but also for processes for the protection of environment and energy recovery (Circular Bioeconomy).
Applying knowledge and understanding
At the end of the course the student must be able to apply the acquired knowledge to biosynthetic methodologies for industrial processes. In particular, it will be taught how to apply the iterative principle of DESIGN-BUILD-TEST-LEARN which underlies microbial biotechnology in all its different applications, and which encompasses the many disciplines that contribute to its growing success.
Making judgements
The student must be able to personalise what has been learned and be able to recognize the processes and problems in which the methodologies of industrial microbiology and fermentations can be used.
Communication skills
At the end of the course the student will be able to express himself appropriately in the description of the topics addressed, in the definition of the pertinent terminology, with properties of language and consciousness in exposure.
Learning skills
Skills in literature reading and understanding, skills in the elaboration of interconnections among the
course-related knowledge and other subjects related to industrial bio-based microbial processes and biorefineries.
Contents
PART 1: METODOLOGIES
Pathway Design
Strain development and evolution
Genome Editing of Bacteria and Eukarya
PART 2: APPLICATIONS AND EXAMPLES
The second part contains insightful descriptions of the practical applications of metabolic engineering, including specific examples that shed light on the topics within.
Detailed program
The course aims to provide the tools to be able to study the physiological, molecular and metabolic aspects that limit current yields and productions so that interventions can be planned to develop next-generation bioprocesses according to the iterative cycle of Design-Build-Test-Learn. The course therefore lends itself well to linking up with various other teachings from which methodologies and notions can be drawn.
In particular, the following topics will be explored:
- Difference between genetic engineering and metabolic engineering; relationship between metabolic engineering, synthetic and systems biology; process stress: robustness and tolerance;
- Methodologies relating to the design, build, test and learn phase;
- Development of recombinant microorganisms for the production of primary and secondary metabolites: general concepts and case studies;
- Examples of Biomanufacturing based on microbial cell factories for the use of second, third and fourth generation biomass, with reference to the concept of sustainability and life cycle assessment, with reference to the strategies indicated in the Green Deal and outlined in the Sustainable Development Goals of the UN 2030 agenda
Prerequisites
Knowledge of biochemistry, industrial microbiology, molecular and genetic biology, bioreactoristic techniques and technologies.
Teaching form
The course will consist of 42 hours of face-to-face lectures delivered in 21 2-hour lessons consisting of:
- a part (about 2/3 of the lessons) in delivery mode (delivery didactics, DE) focused on the presentation-illustration of contents, concepts, scientific principles
- a part in interactive mode (interactive didactics, DI, about 1/3 of the lessons), which includes integrative didactic exchanges with students, preliminary explanations and exercises carried out together on the case studies presented, aimed at familiarising with the concepts used in the reference works. DI lectures will be interspersed with DE lectures: with the concepts exposed, the trainees will be asked to make working hypotheses, and once the hypotheses have been clarified, experimental results will be shown and together they will be examined, in order to understand the results obtained and the implications.
This continuous exchange is preparatory to the acquisition of skills, which is then verified in the final examination.
At least one lecture will be given with the participation of an external guest, a leading figure in metabolic engineering, if possible in presence or alternatively with the guest connected remotely. - The slides are produced in English, the course can be delivered in English on request.
Textbook and teaching resource
Lecture slides and recordings of lectures (the slides also contain links to background articles, which are accessible to students either because they are open access publications or because they are included in the academic certificate);
Supporting material such as articles and in-depth reviews, to be used both for study and examination preparation.
Semester
Second semester
Assessment method
The assessment of the knowledge learned will be carried out at the end of the course by an oral exam, but in case you need to reason about certain concepts by making diagrams, pen and paper will be available;
It will start from one of the examples illustrated and examined in interactive and participative mode in the classroom (remember to study the reference articles of the examples examined): the article will be of the candidate's choice;
Links to the methodology part (first part of the course) will be asked;
You will be asked, using the skills acquired, to propose approaches to investigate topics relating to metabolic engineering in the context of advanced biotechnological processes
Office hours
Contact: by appointment, by e-mail to the lecturer, or in person, in class.