Course Syllabus
Obiettivi
Questo insegnamento descrive i principali obiettivi, strategie sperimentali e tecniche della proteomica. Verranno discussi esempi specifici tratti dalla letteratura scientifica.
Conoscenza e capacità di comprensione.
Lo studente conoscerà i principi fondamentali delle tecniche e delle strategie usate in proteomica, nonchè della loro implementazione e applicazione.
Capacità di applicare conoscenza e comprensione.
Lo studente sarà in grado di applicare le conoscenze acquisite alle future attività di studio, di laboratorio e di ricerca, e di comprendere e interpretare lavori scientifici che riportino dati di proteomica in riviste ad alto impact factor.
Autonomia di giudizio.
Lo studente sarà in grado di elaborare quanto appreso, al fine di interpretare e discutere criticamente i risultati di esperimenti propri e pubblicati in letteratura, ottenuti con le tecniche descritte.
Abilità comunicative.
Lo studente saprà esprimersi con proprietà di linguaggio nella descrizione delle metodologie trattate e nella discussione e interpretazione di risultati sperimentali.
Capacità di apprendimento.
Lo studente avrà le capacità di apprendimento necessarie per affrontare in autonomia studi successivi che richiedano conoscenza di proteomica, e saprà applicare anche ad altri ambiti il metodo di studio acquisito.
Contenuti sintetici
Identificazione di proteine, modificazioni post-traduzionali, proteomica quantitativa, interattomica, proteomica strutturale.
Programma esteso
Problematiche e strategia nella ricerca di biomarcatori
“Microarrays” di proteine
Gel bidimensionali
Proteomica basata su spettrometria di massa
Identificazione di proteine su larga scala
Proteomica quantitativa
Analisi di modificazioni post-traduzionali di proteine
Fosfoproteomica
Approcci “top down” e “bottom up”
Interattomica
Proteomica strutturale
Prerequisiti
Prerequisiti: conoscenze di base di biochimica delle proteine
Propedeuticità. Nessuna
Modalità didattica
LEZIONI FRONTALI
21 lezioni da 2 ore costituite da:
una parte in modalità erogativa focalizzata sulla presentazione-illustrazione di contenuti, concetti, principi scientifici
una parte in modalità interattiva, che prevede interventi didattici integrativi, brevi interventi effettuati dai corsisti, dimostrazioni aggiuntive di applicazioni pratiche dei contenuti della parte erogativa (casi di studio, journal club, etc.).
Tutte le attività sono svolte in presenza.
L'insegnamento verrà tenuto in lingua italiana.
Materiale didattico
Il materiale presentato durante le lezioni (slide) è disponibile alla pagina e-learning dell'insegnamento.
Verranno indicati lavori scientifici per ciascun argomento, che dovranno essere utilizzati per la preparazione all'esame.
Periodo di erogazione dell'insegnamento
Primo semestre
Modalità di verifica del profitto e valutazione
Prova scritta (1h e 30 min).
L'esame prevede domande aperte su tutto il programma dell'insegnamento, con una domanda di carattere generale e concettuale e una di carattere più tecnico. Verrà valutata la comprensione della materia, la padronanza di tecniche e metodi, e la capacità critica nella interpretazione dei risultati sperimentali.
Orario di ricevimento
Ricevimento: Su appuntamento tramite e-mail al docente.
Sustainable Development Goals
Aims
This course describes the main goals, experimental strategies and techniques of proteomics. Specific examples taken from the scientific literature will be discussed.
Knowledge and understanding.
The students will gain knowledge of the fundamental principles at the basis of the main proteomics techniques, as well as their implementation and application.
Applying knowledge and understanding.
The students will be able to apply the acquired knowledge to the subsequent courses, laboratory and research activities, as well as to understand and interpret the scientific papers reporting proteomics data in high impact factor journals.
Making judgements.
The students will be able to process the acquired knowledge, in order to interpret and critically discuss results from the literature and their own work, obtained by the described methods.
Communication skills.
The students will be able to use an appropriate scientific language in the description of the acquired methods and in the discussion and interpretation of experimental results.
Learning skills.
The students will have the skills in reading and understanding to face autonomously the subsequent studies that require knowledge in proteomics and will be able to apply the acquired study method also to other matters.
Contents
Protein identification, post-translational modifications, quantitative proteomics, interactomics, structural proteomics.
Detailed program
Issues and strategies in biomarker discovery
Protein microarrays
2D gels
Mass-spectrometry-based proteomics
High-throughput protein identification
Quantitative proteomics
Protein post-translational modifications
Phosphoproteomics
“Top down” e “bottom up” approaches
Interactomics
Structural proteomics
Prerequisites
Background: basic notions of protein biochemistry
Prerequisites. None
Teaching form
FRONTAL LESSONS
Twentyone 2-hour lectures composed by:
a section of delivered didactics, focused on the presentation-illustration of contents by the lecturer.
a section of interactive teaching, including teaching interventions supplementary to delivered didactic activities, short interventions by trainees, demonstrations of practical
applications (case study, journal club, etc.).
Didactic activities are conveyed by means of face-to-face lectures
Teaching language: italian.
Textbook and teaching resource
Learning material (slides of the lessons) is available at the e-learning web page of the course.
Scientific papers for each topic will be given. They have to be used for exam preparation.
Semester
First semester
Assessment method
Written examination (1h and 30 min).
The written exam will range on the entire course content, with one more general and conceptual question and one more technical question. The evaluation will focus on the understanding of the specific matter, knowledge of methods and techniques, and critical interpretation of the experimental results.
Office hours
Contact: Upon request by e-mail to lecturer.
Sustainable Development Goals
Staff
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Rita Grandori
