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  1. Science
  2. Bachelor Degree
  3. Fisica [E3001Q]
  4. Courses
  5. A.A. 2020-2021
  6. 3rd year
  1. Introduction To Biophotonic
  2. Summary
Insegnamento Course full name
Introduction To Biophotonic
Course ID number
2021-3-E3001Q068
Course summary SYLLABUS
Si tratta del corso di Elementi di Biofotonica, III anno del corso di laurea in Fisica.

Course Syllabus

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Obiettivi

L'insegnamento di Elementi di Biofotonica si prefigge di avvicinare lo studente alle principali tecniche spettroscopiche di indagine dei biosistemi nell'intervallo UV-VIS dello spettro elettromagnetico. 

Lo studente verrà a conoscenza delle caratteristiche delle principali macromolecole biologiche. Comprenderà i principi di utilizzo delle varie tecniche di indagine sia a livello teorico sia a livello sperimentale e sarà in grado di capire quale tipo di informazioni si possono ottenere dalle varie tecniche per applicazioni nel campo della biofisica e della nanomedicina.





Contenuti sintetici

Principali caratteristiche delle macromolecole biologiche

Cenni di termodinamica per applicazioni biologiche

Spettroscopia UV-VIS in risonanza e fuori risonanza, cenni di microscopia di fluorescenza

 Nanosistemi per applicazioni biomediche

Programma esteso

I protagonisti: proteine, acidi nucleici, cellule, cromofori, nanomateriali. Strutture e interazioni.

Cenni di termodinamica: Energia libera di Gibbs e Helmholtz. Potenziale chimico e legge di azione di massa. Energia e cinetiche di legame. Effetti di cooperatività. Il processo di folding  e unfolding 

Tecniche spettroscopiche

Spettroscopia di assorbimento. Legge di Beer-Lambert. Coefficienti di assorbimento. Effetti di interazione fra cromofori. Spettri caratteristici di proteine (alfa-eliche, beta-sheet e random coil) e DNA. Effetti di conformazione.

Dicroismo circolare. Principi fisici Spettri caratteristici di proteine (alfa-eliche, beta-sheet e random coil) e DNA. Effetti di conformazione.

Spettroscopia di fluorescenza. Coefficiente di emissione spontanea. Definizione di resa quantica, tempo di vita di stato eccitato. Spettri di eccitazione ed emissione. Dipendenza dalla concentrazione del fluoroforo.  La fluorescenza intrinseca nelle biomolecole. Le principali sonde fluorescenti. La classe delle “Fluorescent Proteins (GFP etc.)”.

Meccanismi di smorzamento della fluorescenza I: quenching collisionale di Stern-Volmer, quenching statico e loro applicazione alle biomolecole.

Meccanismi di smorzamento della fluorescenza II: il fenomeno del trasferimento energetico risonante alla Foerster. Teoria e applicazioni.

Effetti di solvente sulla fluorescenza: effetti di “bulk”, equazione di Lippert-Mataga.

Diffusione di luce quasi elastica e cenni di idrodinamica. Esempi di applicazione alle biomolecole, determinazione delle dimensioni molecolari e studio di fenomeni di aggregazione.

Cenni di microscopia ottica confocale e con eccitazione a due fotoni. Schema di un tipico microscopio. Acquisizione di immagini. Applicazioni in campo biofisico (cellule, piccoli organismi, applicazioni in vivo)

Nanoparticelle multifunzionali per applicazioni biomediche: interazione con la radiazione, meccanismi di targeting e internalizzazione cellulare, effetti termici in campo medico.

 

 


Prerequisiti

Conoscenza della fisica insegnata nei corsi di Fisica dei primi due anni della Laurea Triennale in Fisica.


Modalità didattica

Normalmente, lezioni frontali con slides, poi caricate sul sito elearning del corso, insieme ad articoli per approfondimenti su argomenti specifici.

Nel periodo di emergenza Covid-19 le lezioni si svolgeranno in modalità mista: lezioni in streaming (sincrone) e lezioni videoregistrate (asincrone). Sono previsti in ogni caso incontri settimanali "live" con gli studenti.



Materiale didattico

Slides caricate sul sito elearning.

Articoli di esempio per approfondimenti caricati sul sito elearning.

Testo di riferimento del corso:

1. Webb, Andrew; “Introduction to biomedical imaging”

2. Cantor, Charles R.; Schimmel, Paul R.; "Biophysical chemistry” [Comprende: The conformation of biological macromolecules 1 Techniques for the study of biological structure and function 2 The behavior of biological macromolecules 3]

Capitoli di altri libri sono indicati sulle slides e caricati sul sito elearning.



Periodo di erogazione dell'insegnamento

I semestre.


Modalità di verifica del profitto e valutazione

Esame orale che consiste in:

  1. breve presentazione di un articolo pubblicato su rivista scientifica riguardante argomenti inerenti al corso (articolo selezionati su diversi argomenti sono caricati nella pagina e-learning ma anche una scelta personale puo' essere fatta)
  2. in alternativa al punto 1, approfondimento di un argomento a piacere tra quelli trattati durante il corso,
  3. domande sugli altri argomenti trattati durante il corso

NB    La parte 1 o 2 contribuisce con un peso minore alla valutazione finale dello studente

Nel periodo di emergenza Covid-19 gli esami orali saranno solo telematici. Verranno svolti utilizzando la piattaforma WebEx e nella pagina e-learning dell'insegnamento verrà riportato un link pubblico per l'accesso all'esame di possibili spettatori virtuali.

 


Orario di ricevimento

Sempre, previo appuntamento.


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Aims

The course "Elements of Biophotonics" has the purpose to introduce the student to the main spectroscopic techniques for investigating biosystems in the UV-.VIS range of the electromagnetic spectrum.

The student will learn some features of the most popular biological macromolecules. The principles of the different techniques of investigation will be introduced either from a theoretical and from experimental point of view. The student will be able to understand  which kind of information is available by the different techniques when applied to biophysics and nanomedicine.





Contents

Main featrures of the biological macromolecules 

Topics about the thermodynamics for biological applications

UV-VIS spectroscopy, in resonance and out-of-resonance mode, elements on fluorescence microscopy

Nanosystems for biomedical applications

Detailed program

The players: proteins, nucleic acids, cells, chromophores, nanomaterials. Structures and interactions. 

Thermodynamics: Gibbs and Helmholtz free energy. Chemical potential, mass action law. Energy and binding kinetics. Cooperativity effects. The folding-unfolding process-

Spectroscopic Techniques.

Absorption spectroscopy. The Beer-Lambert law. Absorption coefficients. Effects of interaction among chromophores. Characteristic spectra of proteins (alpha helix, beta-sheets, random coils) and DNA. Conformational effects.

Circular dichroism. Principles of CD. Characteristic spectra of proteins (alpha helix, beta-sheets, random coils) and DNA. Conformational effects.

Fluorescence spectroscopy. Spontaneous emission coefficient. Definition of quantum yield, excited state lifetime. Excitation and emission spectra. Dependence from the fluorophore concentration. The intrinsic fluorescence of biomolecules. The most popular fluorescent probes. The class of “Fluorescent Proteins (GFP)”

Mechanisms of fluorescent quenching I: collisional quenching by Stern-Volmer, static quenching and their application to biomolecules.

Mechanisms of fluorescent quenching II: the fluorescent energy transfer mechanism via Foerster theory. Applications.

Solvent effects of fluorescence: bulk effects, Lippert-Mataga equation.

Quasi-elastic light scattering and elements of hydrodynamics. Some applications to biomolecules, molecular size characterization and aggregation studies.

Elements of optical microscopy, confocal and non-linear excitation. Typical microscope setups. Image acquisition. Applications in biophysics (to cells, small organisms, in vivo applications)

Multifunctional nanoparticles for biomedical applications and their interaction with radiation. Targeting mechanisms and cell internalization. Thermal effects in the medical field.

 

 


Prerequisites

Knowledge of the physics topics acquired in the courses of the first two years of the Bachelor degree in Physics course.

Teaching form

Lessons on classroom with slides. The slides are available on the e-learning platform, together with selected papers to specific topics.

Textbook and teaching resource

Slides loaded on the elearning platform.

Selected papers for further infortmation 

Reference textbooks::

1. Webb, Andrew; “Introduction to biomedical imaging”

2. Cantor, Charles R.; Schimmel, Paul R.; "Biophysical chemistry” [Comprende: The conformation of biological macromolecules 1 Techniques for the study of biological structure and function 2 The behavior of biological macromolecules 3]

When needed,new materials is made available and loaded on the e-learning platform. 



Semester

I semester


Assessment method

 the exam is oral and it will consist in: 


  1. Brief presentation of a paper published on a scientific journal related to a topic of the course (selected papers are available to the students or it can be chosen independently). 
  2. As an alternative, a deep insight of a topic of the course can be chosen
  3. Open questions of different topics of the course. 

NB    Part 1 or 2 has a lower weight in the final evaluation of the student.

During the Covid-19 emergency, the exams will be online only. The officiasse plastform is WebEx and in the e-learning page a public link to the access will be available to all students.


Office hours

Always by appointment.

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Key information

Field of research
FIS/07
ECTS
6
Term
First semester
Activity type
Mandatory to be chosen
Course Length (Hours)
48
Degree Course Type
Degree Course

Students' opinion

View previous A.Y. opinion

Bibliography

Find the books for this course in the Library

Enrolment methods

  • Self enrolment (Student)
  • Manual enrolments

Staff

    Teacher

  • Giuseppe Chirico
  • Maddalena Collini

Attachments

  • NeuroFotonica.pngNeuroFotonica.png

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