Course Syllabus
Obiettivi
L'obiettivo di questo modulo è quello di fornire allo studente gli strumenti computazionali necessari a
- gestire e manipolare il dato grezzo
- reperire le informazioni necessarie dalle basi dati esistenti
- comprendere e applicare in autonomia le analisi più semplici sui dati
Contenuti sintetici
- Genoma e sequenze.
- Dai segnali al dato.
- Dai marcatori molecolari al sequenziamento whole genome.
- Le basi di dati in biologia.
- Lab hands-on.
- Genoma e sequenze Il genoma è l'elemento in cui viene immaggazinata l'informazione per "costruire" un intero orgsnismo. In questa sezione se ne analizzerà la struttura e l'importanza di interpretare correttamente la sua rappresentazione come stringa.
- Dai segnali al dato. Breve introduzione alle tecnologie che permettono il sequenziamento del genoma
- Dai marcatori molecolari al sequenziamento whole genome. Del genoma si possono analizzare solo porzioni per identificare gli organismi o allineare tutti i frammenti che permettono di ricostruire l'intero genoma.
- Le basi di dati in biologia. Panoramica delle principali basi di dati, della loro struttura e contenuto.
- Lab hands-on: i dati biologici, la loro gestione ed analisi. Questa è la parte essenziale del modulo. Dopo la parte introduttiva gli studenti verranno guidati in esperienze di laboratorio in cui verranno maneggiati principalmente dati a DNA per familiarizzare con la loro analisi.
Programma esteso
- Genoma e sequenze Il genoma è l'elemento in cui viene immaggazinata l'informazione per "costruire" un intero orgsnismo. In questa sezione se ne analizzerà la struttura e l'importanza di interpretare correttamente la sua rappresentazione come stringa.
- Dai segnali al dato. Breve introduzione alle tecnologie che permettono il sequenziamento del genoma
- Dai marcatori molecolari al sequenziamento whole genome. Del genoma si possono analizzare solo porzioni per identificare gli organismi o allineare tutti i frammenti che permettono di ricostruire l'intero genoma.
- Le basi di dati in biologia. Panoramica delle principali basi di dati, della loro struttura e contenuto.
- Lab hands-on: i dati biologici, la loro gestione ed analisi. Questa è la parte essenziale del modulo. Dopo la parte introduttiva gli studenti verranno guidati in esperienze di laboratorio in cui verranno maneggiati principalmente dati a DNA per familiarizzare con la loro analisi.
Prerequisiti
Nessuno
Modalità didattica
Lezioni e sessioni in laboratorio informatico
Durante il perido di emergenza Covid-19 il corso verrà tenuto in maniera remota sia con lezioni videoregistrate che con eventi in videoconferenza.
Materiale didattico
Lucidi mostrati a lezione e articoli scientifici. Il materiale è a disposizione sulla pagina e-learning.
Periodo di erogazione dell'insegnamento
Secondo anno, secondo semestre
Modalità di verifica del profitto e valutazione
Gli studenti svilupperanno progetti sugli argomenti visti durante le lezioni. Gli argomenti del progetto devono essere analizzati integrando i concetti di entrambi i moduli.
I progetti saranno esposti oralmente in una data concordata con gli insegnanti.
L'esame sarà comprensivo per entrambi i moduli.
A causa della forte interdisciplinarietà e della natura applicata del corso, sarà incoraggiata la formazione di piccoli gruppo
Orario di ricevimento
Aims
The aim of this module is to give to the students the necessary computational tools to:
- manage and manipulate the raw data
- grab the necessary information in the existent data bases
- understand and apply autonomously the most simple data analyses
Contents
- Genome and sequences.
- From signals to data.
- From markers to whole genome sequencing.
- Biological databases.
- Lab hands-on
Detailed program
- Genome and sequences. The genome stores the complete information to build an organism. In this section will be analyzed its structure and the relevance to correctly interpret its string counterpart.
- From signals to data. Brief introduction to technologies to sequence the genome.
- From markers to whole genome sequencing. It is possible to exploit small fragments of the genome to recognize an organism or to align the whole genome.
- Biological databases. biological data, their management and analysis. This is the core of this module. Following the introduction, students will be lead by the teachers in lab experiences to manage and analyse DNA data.
Prerequisites
None
Teaching form
Lectures and PC lab hands-on sessions
During the Covid-19 emergency course will be held in a remote manner with videorecorded lectures and with web videoconferences
events.
Textbook and teaching resource
Slides and scientific papers. Materials are available on the e-learning page.
Semester
Second year, second semester
Assessment method
The students, will develop on-going projects on the topics seen during the lectures. The topics of the project must be analyzed by integrating the concepts of both modules.
The projects will be exposed orally on a date agreed with the teachers.
The exam will be comprehensive for both modules.
Due to the strong interdisciplinary and the applied nature of the course, the formation of small groups will be encouraged.
Office hours
Please reserve a meeting via email