Course Syllabus

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Fornire allo studente le conoscenze sulle tecnologie di proteomica e metabolomica applicate a studi clinici

Concetti di proteomica e matabolomica : strumentazioni e approcci analitici utilizzati nello studio del proteoma e del metaboloma, delle loro alterazioni per indagini biomediche

Definizione dei termini e delle caratteristiche delle tecniche analitiche cromatografiche per indagini quali- quantitative. Conoscenze e nozioni della spettrometria di massa applicata alla proteomica. Identificazione di proteine con la tecnica del “Peptide mass fingerprint”. Spettrometria di massa accoppiata (MS/MS). Interpretazione di spettri MS/MS di peptidi. Identificazione delle proteine mediante approcci bottom-up e top-down. Caratterizzazione di modificazioni post-traduzionali mediante spettrometria di massa. Proteomica quantitativa: gel-free e gel-based; label-based e label-free. Tecniche di “imaging” mediante spettrometria di massa e sue applicazioni: profiling e Imaging . Esempi di applicazioni in ricerche cliniche. Tecnologie analitiche di metabolomica. Esempi di applicazioni in ricerche cliniche

Conoscenze di base di chimica, biochimica e statistica

Lezioni frontali; Esercitazioni

Al momento è previsto che gli insegnamenti verranno erogati in modalità “in presenza”, salvo successive diverse disposizioni ministeriali legate all’emergenza pandemica

Review e articoli pubblicati su riviste internazionali verranno indicati durante il corso. Downard K., Mass spectrometry . A foundation course. Royal Society of Chemistry, 2004 ISBN 0-8504-609-7 Gary Siuzdak, Mass Spectrometry for Biotechnology, Academic Press 1996 Per consultazione: J. H. Gross, Mass Spectrometry. A Textbook, Berlin – Heidelberg, Springer Verlag, 2004 E. De Hoffmann, V. Stroobant, Mass Spectrometry. Principles and Application, 2nd Edition Chichester, John Wiley & Sons, 2001. C. Dass, Principles and Practice of Biological Mass Spectrometry, New York, Wiley-Interscience, 2000. ISBN 0471330531 Chapman, John R. Mass Spectrometry of Proteins and Peptides, Humana press 2000, ISBN 0- 89603-609-X Walker, John M. The Proteomics Protocols Handbook Humana Press, 2005

Secondo semestre

Tra 8 o 10 domande sui contenuti del corso sono presenti nella prova scritta-orale. Le domande sono a quiz con 4-5 possibili risposte di cui una sola è esatta. Tra le domande ve ne è sempre una aperta ed alcune possono prevedere l’esecuzione di calcoli o di interpretazione di spettri di massa MS/MS di peptidi. La prova orale prevede la discussione della prova scritta.

 

Ogni giorno previo appuntamento

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The course will provide knowledge of proteomics and metabolomics applied to clinical investigations.

Students will learn concepts of proteomics and metabolomics, in particular they will get knowledge of the different instrumentation, of the various analytical approaches useful to study the proteome and metabolic processes

Introduction to the terminology and to the features of the chromatographic techniques used for quali-quantitative investigations. Knowledge of mass spectrometry applied to proteomics. Proteins identification using the “Peptide mass fingerprint” approach. Tandem mass spectrometry (MS/MS). Interpretation of MS/MS spectra of peptides. Bottom-up and top-down proteomics approaches used to identify proteins and peptides. Characterization of posttranslational modification by Mass Spectrometry. Quantitative proteomics: gel-based and gel-free; label-based and label-free. Mass Spectrometry-Imaging technology (profiling and imaging) and its applications. Examples of application in clinical researches. Analytical technologies used in metabolomics. Examples of application in clinical researches.

Lectures and practical lessons

Lectures and practical lessons


Lectures and practical lessons in attendance, subject to any ministerial changes following the COVID pandemic situation

Reviews e and scientific articles published on international journals will be provided during the course.  Downard K., Mass spectrometry . A foundation course. Royal Society of Chemistry, 2004 ISBN 0-8504-609-7 Gary Siuzdak, Mass Spectrometry for Biotechnology, Academic Press 1996 Per consultazione: J. H. Gross, Mass Spectrometry. A Textbook, Berlin – Heidelberg, Springer Verlag, 2004 E. De Hoffmann, V. Stroobant, Mass Spectrometry. Principles and Application, 2nd Edition Chichester, John Wiley & Sons, 2001. C. Dass, Principles and Practice of Biological Mass Spectrometry, New York, Wiley-Interscience, 2000. ISBN 0471330531 Chapman, John R. Mass Spectrometry of Proteins and Peptides, Humana press 2000, ISBN 0- 89603-609-X Walker, John M. The Proteomics Protocols Handbook Humana Press, 2005

Second semester

Among the 8  or 10 questions on the contents of the course are included in the written-oral test. The questions are quiz with 4-5 possible answers and only one is correct. Among them, there is always an open one and some that may require the execution of calculations or interpretation of mass spectrum (MS/MS) of peptides. The oral examination will be done based on the written questions.



Every day upon appointment.

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Key information

ECTS
6
Term
Second semester
Activity type
Mandatory
Course Length (Hours)
52
Language
Italian

Students' opinion

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Bibliography

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