Syllabus del corso
Obiettivi formativi
Obiettivo dell’insegnamento è approfondire gli strumenti del linguaggio di programmazione SAS utili alla gestione dei dati, all’analisi statistica e alla reportistica di studi clinici e osservazionali.
Conoscenza e comprensione
Questo insegnamento fornirà conoscenze e capacità di comprensione relativamente a:
- Fondamenti del linguaggio di programmazione SAS;
- Principali procedure per la gestione e l’analisi statistica di dati clinici.
Capacità di applicare conoscenza e comprensione
Alla fine dell’insegnamento gli studenti saranno in grado di:
- Gestire database con il linguaggio di programmazione SAS;
- Implementare le principali procedure di analisi biostatistica con il linguaggio di programmazione SAS;
- Produrre la reportistica di studi clinici e osservazionali.
L’insegnamento consente allo studente di acquisire solide basi nella programmazione SAS nel contesto lavorativo delle scienze biomediche.
Contenuti sintetici
· introduzione al sistema SAS
· tecniche per la gestione dei dati longitudinali in SAS
· le principali procedure per l'analisi dei dati di uno studio clinico
· utilizzo del linguaggio SAS macro per l'automatizzazione dei processi
· implementazione di algoritmi statistici in SAS/IML (interactive matrix language)
Programma esteso
Introduzione al corso
Importanza del sistema SAS nell'ambito della ricerca clinica e ruolo del programmatore SAS nell'industria farmaceutica.
Introduzione al sistema SAS
L'ambiente di lavoro SAS
Data step e proc step
Importazione dei dati
Esempi di procedure
Gestione e manipolazione dei dati
Funzioni SAS
Tabelle a doppia entrata
Date e Formati
Unione di dataset
PROC SQL
Gestione degli output (ODS)
Tecniche per la gestione e l'analisi dei dati longitudinali in SAS
Selezione della prima e dell'ultima osservazione per un paziente in uno studio longitudinale
Formato wide e formato long
Procedure per l'analisi di misure ripetute
Le principali procedure per l'analisi dei dati di uno studio clinico
Procedure per l'analisi di risposte continue
Procedure per l'analisi di risposte binarie
Procedure per l'analisi dei tempi di sopravvivenza
Procedure SAS per la creazione di tabelle (PROC TABULATE) e grafici (PROC SGPLOT e PROC SGPANEL)
Utilizzo del linguaggio SAS macro per l'automatizzazione dei processi
Le macro variabili
I macro programmi
Implementazione di algoritmi statistici in SAS/IML (interactive matrix language)
Operazioni di base in SAS IML
Applicazioni statistiche in SAS IML
SAS/IML e R
Prerequisiti
Nessuno
Metodi didattici
Le lezioni saranno svolte in due modalità: nella prima, i docenti esporranno i concetti (modalità erogativa); nella seconda, i docenti interagiranno con gli studenti proponendo problemi presi dall'ambito biostatistico, da svolgere in gruppo utilizzando il linguaggio di programmazione SAS. Gli studenti svolgeranno e discuteranno i problemi, mentre la correzione sarà effettuata insieme ai docenti (modalità interattiva).
Indicativamente, il rapporto tra le ore in modalità erogativa e interattiva sarà di 1:1. Alcune lezioni in modalità erogativa saranno tenute da remoto (con un rapporto indicativo di 2:1 tra lezioni in aula e a distanza).
Modalità di verifica dell'apprendimento
Prova scritta
La prova di esame consiste in una serie di brevi esercizi e problemi pratici da risolvere con gli strumenti SAS illustrati durante le lezioni.
La prova di esame si tiene in laboratorio.
Durante la prova d’esame è consentita la consultazione del materiale fornito a lezione.
Non sono previste prove di esame in itinere.
La prova scritta consente di verificare la capacità dello studente di impostare in modo indipendente, utilizzando il linguaggio di programmazione SAS, la risoluzione di esercizi e problemi pratici comuni nel contesto lavorativo delle scienze biomediche.
Prova orale facoltativa (su richiesta dello studente).
Le modalità di esame sono identiche per studenti frequentanti e non frequentanti.
Testi di riferimento
Tutto il materiale didattico (estratti di libri, articoli, codice SAS, dataset) distribuito agli studenti durante il corso
Periodo di erogazione dell'insegnamento
Semestre II, ciclo II
Lingua di insegnamento
Italiano
Sustainable Development Goals
Learning objectives
The aim of the course is to deepen the students’ knowledge of the SAS tools useful for data management, statistical analysis and reporting of clinical and observational studies.
Knowledge and understanding
This course will provide knowledge and understanding regarding:
- The basis of SAS language;
- The main SAS procedures for data management and analysis of clinical data.
Applying knowledge and understanding
At the end of the course the students will be able to:
- Manage database with SAS programming language;
- Write the SAS code to perform principal biostatistical analyses;
- Create reporting for clinical and observational studies.
The course will provide a sound basis in SAS programming in the context of the biomedical sciences.
Contents
· Introduction to the SAS system
· Longitudinal data and SAS
· SAS procedures for the analysis of clinical trials
· The use of SAS macro language to automate processes
· Implementing statistical algorithms in SAS/IML (interactive matrix language)
Detailed program
Course introduction
Importance of the SAS system in clinical research and the role of the SAS programmer in the pharmaceutical industry.
Introduction to the SAS system
The SAS work environment
Data step and proc step
Data import
Examples of procedures
Data management
SAS functions
Two-way tables
Dates and Formats
Data set merge
PROC SQL
Output delivery system (ODS)
Techniques for data management and analysis of longitudinal data in SAS
Selection of the first and last observation for a patient in a longitudinal study
Wide format and long format
Procedures for the analysis of repeated measures
The main procedures for data analysis of a clinical study
Procedures for the analysis of continuous responses
Procedures for the analysis of binary responses
Procedures for the analysis of survival times
SAS procedures for creating tables (PROC TABULATE) and graphs (PROC SGPLOT and PROC SGPANEL)
Use of the SAS macro language process automation
Macro variables
Macro programs
Implementation of statistical algorithms in SAS/IML (interactive matrix language)
Basic operations in SAS/IML
Statistical applications in SAS/IML
SAS/IML and R
Prerequisites
None
Teaching methods
Lessons will be conducted in two modes: in the first, the instructors will present the concepts (lecture mode); in the second, the instructors will interact with the students by proposing problems taken from the biostatistical field, to be solved in groups using the SAS programming language. The students will work on and discuss the problems, while the correction will be carried out together with the instructors (interactive mode).
Approximately, the ratio of hours between lecture and interactive modes will be 1:1. Some lecture mode lessons will be held remotely (with an indicative ratio of 2:1 between in-class and remote lessons).
Assessment methods
Written exam
The written exam consists of a series of short exercises and practical problems that can be solved with SAS tools presented during the course.
The exam is held in the computer lab.
Consultation of the material provided during the course is allowed during the exam.
There are no intermediate exams.
The written exam will test the student’s ability to independently use SAS tools in order to solve exercises and practical problems typical of the context of the biomedical sciences.
At student’s request, an oral examination could be held.
The examination procedures are the same for attending and non-attending students.
Textbooks and Reading Materials
The course material (book excerpts, articles, SAS code, datasets) will be distributed during the course
Semester
Semester II, cycle II
Teaching language
Italian
